核心结论：违法追究中“不扣成本”的处理方式需结合具体违法类型、成本性质及法律规定综合判断，可能涉及行政处罚调整、刑事责任认定或民事赔偿计算等情形。以下分情况说明：

1. 行政违法领域（如环保、税务、市场监管等）

• 成本扣除原则：行政处罚通常以“违法所得”为计算基础，但“成本”能否扣除需看具体法律定义。例如：
  • 税务违法：偷逃税款时，成本（如进项发票）若合法且与违法所得直接相关，可能允许扣除后计算应补税款及罚款；但若成本本身违法（如虚开发票），则不得扣除。
  • 环保违法：超标排放污染物时，治理成本一般不从违法所得中扣除，但若企业能证明已投入合规治理设施，可能作为从轻情节在处罚幅度内考虑。
• 操作建议：行政相对人应在处罚听证或申诉阶段，主动提交成本合法性、关联性证据（如合同、发票、治理记录等），争取合理扣除。

2. 刑事违法领域（如诈骗、贪污、非法经营等）

• 犯罪数额认定：刑事责任中“犯罪数额”通常以“非法获利”为核心，但成本扣除规则更严格：
  • 直接成本：为实施犯罪而支出的费用（如购买作案工具、贿赂费用）一般不得扣除，需全额计入犯罪数额。
  • 间接成本：若成本与合法经营混同（如部分原材料用于合法生产），需通过司法审计区分，仅将违法部分计入犯罪数额。
• 例外情形：在“生产、销售伪劣产品罪”中，若产品本身有合法成分，可能按“伪劣部分”对应成本扣除后计算销售额；但需以司法鉴定结论为准。
• 操作建议：犯罪嫌疑人或辩护人应在侦查阶段委托会计师事务所进行“成本专项审计”，固定合法成本证据，并在庭审中申请司法鉴定，争取降低犯罪数额认定。

3. 民事赔偿领域（如侵权、合同纠纷等）

• 赔偿范围：民事赔偿以“填补损失”为原则，若违法行为导致他人损失，赔偿金额通常需扣除受害方已避免的损失或应自担的风险成本。例如：
  • 产品质量侵权：消费者因产品缺陷受损，若其未按说明书使用导致损失扩大，扩大部分成本可能由消费者自担。
  • 合同违约：违约方赔偿守约方实际损失时，若守约方未采取减损措施（如及时止损），违约方可主张扣除本可避免的成本。
• 操作建议：赔偿义务人应在诉讼中提交受害方过错证据（如使用记录、减损通知等），申请法院委托第三方机构评估合理成本范围。

4. 特殊领域规则

• 证券违法：内幕交易、操纵市场等行为中，违法所得计算需扣除“合理交易成本”（如印花税、佣金），但需以证监会或法院认定为准。
• 知识产权违法：假冒注册商标商品的销售金额计算，通常以实际售价为准，不扣除制作成本；但若成本中包含合法授权费用（如部分原材料合法采购），可能部分扣除。

总结：违法追究中“成本是否扣除”无统一答案，需结合违法类型、成本性质、证据充分性综合判断。建议当事人或企业：

1. 立即固定成本证据（合同、发票、审计报告等）；
   
2. 根据案件阶段（行政、刑事、民事）选择专业领域律师介入；
   
3. 主动与执法/司法机关沟通，争取通过听证、申诉或辩护程序合理主张成本扣除。
   

如有具体案件细节，可进一步向我咨询，我将结合案例类型提供针对性分析。