当员工怀孕时公司进行搬迁，赔偿问题确实需要细致考虑，并且要根据具体情况以及相关法律法规来综合判断。以下是对这一问题的详细解答：
一、公司搬迁对劳动合同履行的影响
搬迁未造成重大影响：
- 如果公司搬迁的距离不远，比如在同一城市内且交通便利程度变化不大，那么这种搬迁通常不会对员工的工作和生活造成实质性困难。在这种情况下，劳动合同可以继续履行，员工应按照公司的安排到新的工作地点上班，此时员工无权要求赔偿。
搬迁造成重大影响：
- 如果公司搬迁的距离较远，比如跨城市，导致工作地点发生重大变更，使得员工的通勤时间大幅增加、生活成本显著提高等，这构成了劳动合同订立时客观情况的重大变化，可能致使合同无法履行。此时，公司应与员工进行协商处理。
二、孕期员工的特殊保护
根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，孕期员工享有特殊的法律保护。公司在搬迁时，必须特别关注孕期员工的权益保护，确保她们的身体健康和工作环境不受不良影响。
- 沟通与协助：公司应与孕期员工进行充分沟通，了解她们的意愿和需求，提供必要的协助和支持，如安排合适的交通方式、调整工作时间等，以确保她们能顺利过渡到新的工作环境。
三、协商变更劳动合同或解除劳动合同
协商变更劳动合同：
- 双方可以依据《劳动合同法》第三十五条，协商一致后变更劳动合同的内容，如工作地点等，并签订书面的变更协议。这是解决搬迁问题的首选方式，既尊重了双方的意愿，又维护了劳动关系的稳定。
协商不一致解除劳动合同：
- 如果双方无法就变更劳动合同达成一致，公司可以依据《劳动合同法》第四十条第三项解除劳动合同。但在此情况下，公司需要提前三十日以书面形式通知员工，或者额外支付一个月工资作为代通知金。
- 经济补偿：经济补偿的计算标准是按照劳动者在本单位的工作年限，每满一年支付一个月工资；六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，支付半个月工资。月工资是指劳动合同解除前十二个月的平均工资。如果员工的月工资高于当地职工月平均工资的三倍，那么经济补偿的标准将按照此三倍数额支付，但最高不超过十二年。
违法解除劳动合同的赔偿：
- 如果公司违反法律法规或劳动合同的约定，直接辞退孕期员工，那么员工有权要求公司按照经济补偿标准的二倍支付赔偿金。
四、法律救济途径
如果公司在搬迁过程中违反了相关法律法规或劳动合同的约定，导致孕期员工的权益受损，那么员工可以向劳动争议仲裁委员会提起仲裁申请，要求公司承担法律责任并支付相应的赔偿金。
总结与建议
综上所述，当员工怀孕时公司进行搬迁，赔偿问题需要根据具体情况以及相关法律法规来综合判断。公司应首先与员工进行协商，确保孕期员工的权益不受损害。如果无法协商一致且涉及解除劳动合同，那么公司需要依法支付经济补偿。同时，孕期员工也应充分了解自己的权益和法律规定，积极与公司沟通协商，并在必要时通过法律途径维护自己的合法权益。