您好，关于您提出的“扣完社保公积金到手五千但是公积金个人扣除104是否合法”的问题，我将从公积金的缴存比例和基数两个方面来为您详细解答。

首先，我们需要明确的是，公积金的缴存是由单位和个人共同承担的，且缴存比例和基数都有明确的规定。根据《财政部国家税务总局关于基本养老保险费基本医疗保险费失业保险费住房公积金有关个人所得税政策的通知》等相关规定，单位和个人分别在不超过职工本人上一年度月平均工资12%的幅度内，其实际缴存的住房公积金，允许在个人应纳税所得额中扣除。同时，单位和职工个人缴存住房公积金的月平均工资不得超过职工工作地所在设区城市上一年度职工月平均工资的3倍。

接下来，我们针对您的情况进行分析：

1. 公积金个人扣除104元是否合法：

   • 要判断这一扣除是否合法，我们首先需要知道您的月平均工资以及您所在城市的上一年度职工月平均工资。
   • 假设您的月平均工资为X元，且X元未超过您所在城市上一年度职工月平均工资的3倍，那么您个人应缴存的公积金比例应在5%-12%之间（具体比例由您所在单位确定，但不得超过12%）。
   • 如果按照最低比例5%计算，且您的月平均工资足够高（即至少为2080元，因为104/5%=2080），那么个人扣除104元公积金是合法的。但如果您的月平均工资低于这个数，或者单位确定的缴存比例低于5%（在合法范围内单位可以自主确定，但通常不会低于最低比例），则可能存在问题。不过，由于我们不知道您的具体月平均工资和单位确定的缴存比例，所以不能直接判断104元是否合法，但可以确认的是，只要缴存比例和基数在规定范围内，这一扣除就是合法的。

2. 到手工资五千与公积金扣除的关系：

   • 到手工资五千是扣除社保和公积金后的净收入，它受到多种因素的影响，包括您的月平均工资、社保和公积金的缴存比例和基数等。
   • 如果您的月平均工资较高，且社保和公积金的缴存比例和基数也相应较高，那么到手工资就会相对较低。反之，如果月平均工资较低，或者社保和公积金的缴存比例和基数较低，到手工资就会相对较高。

3. 如何确认公积金扣除的合法性：

   • 您可以向您所在单位的人事或财务部门咨询您的月平均工资、公积金的缴存比例和基数等信息。
   • 您还可以登录您所在城市的住房公积金管理中心网站或APP，查询您的公积金缴存记录，确认缴存比例和基数是否符合规定。

综上所述，公积金个人扣除104元是否合法，取决于您的月平均工资、单位确定的缴存比例以及您所在城市的上一年度职工月平均工资等因素。只要这些因素都在规定范围内，那么这一扣除就是合法的。如果您对公积金的缴存有任何疑问或担忧，建议您及时与单位沟通或咨询当地住房公积金管理中心。