结论：工地上对工人偷拿小螺丝并归还的行为罚款5000元，这一做法在多数情况下是不合理且可能不合法的，具体需结合实际情况判断。以下从多个角度进行分析：
一、罚款的合法性分析
法律依据：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》及相关法律法规，用人单位对员工进行罚款需要有明确的规章制度作为依据，且该规章制度需经过民主程序制定并公示，同时不得违反法律法规的强制性规定。
- 若工地上没有明确的规章制度规定此类行为的罚款标准，或者该规章制度未经民主程序制定、未公示，那么对工人进行罚款就缺乏法律依据。
罚款合理性：
- 罚款的数额应当与违规行为的性质、情节以及造成的损失相适应。工人偷拿小螺丝并归还，这一行为并未造成实际损失，且情节轻微，因此罚款5000元显然过高，缺乏合理性。
二、罚款的合理性考量
行为性质：
- 工人偷拿小螺丝并归还，这一行为虽然不当，但并未构成盗窃等严重违法行为。且工人已经归还了螺丝，表明其有悔过之意，因此罚款应当考虑这一情节。
罚款目的：
- 罚款的目的应当是为了纠正违规行为、维护工地秩序，而非惩罚工人或获取经济利益。过高的罚款不仅无法达到纠正行为的目的，还可能引发工人的不满和抵触情绪。
三、建议与措施
完善规章制度：
- 工地应当制定明确的规章制度，规定各类违规行为的处罚标准，并确保这些规章制度经过民主程序制定、公示，且符合法律法规的强制性规定。
合理处罚：
- 对于工人的违规行为，工地应当根据规章制度的处罚标准进行合理处罚。对于情节轻微、未造成实际损失的行为，可以采取警告、教育等措施，而非直接罚款。
沟通与协商：
- 在处罚前，工地应当与工人进行沟通，了解其行为动机和背景，听取其解释和申辩。通过协商达成一致的处罚意见，有助于维护良好的劳动关系。
法律途径：
- 如果工人对罚款有异议，工地应当告知其可以通过法律途径维护自己的权益。同时，工地也应当尊重法律判决，履行相应的法律义务。
总结与启示：工地上对工人进行罚款需要遵循法律法规和规章制度的规定，确保罚款的合法性和合理性。对于情节轻微、未造成实际损失的行为，应当采取更为温和的处理方式。如果遇到类似问题，建议直接向我咨询，我会根据具体情况提供更为详细的法律建议。