结论概述：
- 发函主体：工程款付超了，一般应由付款方（通常是发包方或业主）发函要求收回超付部分。
- 责任大小：责任大小取决于超付的具体原因，若因承包方虚报、误报导致，承包方责任较大；若因付款方审核不严或计算错误导致，付款方需承担一定责任。
详细分析：
一、发函主体
在工程款支付过程中，如果发现已经超付了工程款，通常应由付款方（即发包方或业主）负责发函要求收回超付的部分。这是因为付款方是支付行为的主体，有责任确保支付的款项准确无误。一旦发现超付，付款方应及时与承包方沟通，并通过正式函件（如律师函或正式通知）明确要求承包方返还超付的款项。
二、责任大小
关于责任大小的问题，这主要取决于超付工程款的具体原因：
承包方责任：
- 如果超付是由于承包方虚报工程量、误报工程进度或提供虚假资料等原因导致的，那么承包方应承担主要责任。在这种情况下，付款方有权要求承包方返还超付的款项，并可能根据合同约定追究承包方的违约责任。
- 举例来说，如果承包方在申报工程进度款时故意夸大了已完成的工作量，导致付款方多付了款项，那么承包方就需要对这部分超付的款项负责。
付款方责任：
- 如果超付是由于付款方审核不严、计算错误或内部管理不善等原因导致的，那么付款方也需要承担一定的责任。虽然付款方可以要求承包方返还超付的款项，但也可能需要反思和改进自身的审核和管理流程，以避免类似情况再次发生。
- 例如，付款方在审核承包方提交的工程进度款申请时，没有仔细核对工程量或计算错误，导致多付了款项，那么付款方就需要对这部分超付的款项承担一定的责任。
三、建议与措施
- 及时沟通：一旦发现工程款超付，付款方应立即与承包方进行沟通，明确超付的事实和原因，并要求承包方返还超付的款项。
- 正式发函：如果沟通无果或承包方拒绝返还超付的款项，付款方应通过正式函件（如律师函）明确要求承包方返还，并保留相关证据以备后续法律诉讼。
- 审查合同：付款方应仔细审查与承包方签订的合同，了解合同中关于工程款支付、超付处理等方面的约定，以便在发生纠纷时能够依据合同条款维护自身权益。
- 加强管理：付款方应加强内部管理，完善工程款支付流程，确保支付的款项准确无误。同时，也可以考虑引入第三方审计机构对工程款支付进行审计，以降低超付的风险。
四、法律后果
如果承包方拒绝返还超付的工程款，付款方有权通过法律途径追究承包方的责任。根据《中华人民共和国民法典》等相关法律法规的规定，付款方可以要求承包方返还超付的款项，并可能要求承包方承担因超付而产生的利息、诉讼费用等额外损失。
总结与引导：
工程款付超了是一个需要谨慎处理的问题。付款方应及时与承包方沟通并要求返还超付的款项，同时加强内部管理以避免类似情况再次发生。如果您在处理此类问题时遇到任何法律难题或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询，我会根据您的具体情况提供专业的法律帮助。