结论：若顺风车原本不承担高速费，但后续双方又进行了协商并达成了新的约定，那么应当按照新的约定来执行。以下是对此问题的详细分析：

一、协商的法律效力

在民事法律关系中，双方当事人的协商一致是具有法律效力的。这意味着，如果顺风车司机和乘客在原本不承担高速费的基础上，通过协商达成了新的约定，比如司机同意承担部分或全部高速费，那么这一新的约定就构成了双方之间的新合同内容，双方都应当遵守。

二、协商后的执行

1. 如果协商结果是司机承担全部或部分高速费：

   • 司机应当按照协商结果支付相应的高速费用。
   • 如果司机未按照协商结果支付，乘客有权要求司机履行约定，甚至可以通过法律途径来维护自己的权益。

2. 如果协商结果是乘客继续承担高速费或承担更多费用：

   • 乘客应当按照协商结果支付相应的高速费用。
   • 如果乘客未按照协商结果支付，司机同样有权要求乘客履行约定。

三、协商过程中的注意事项

1. 书面记录：为了确保协商结果的明确性和可执行性，建议双方将协商结果以书面形式记录下来，比如通过短信、微信或电子邮件等方式进行确认。
2. 保留证据：在协商过程中，双方可以保留相关的聊天记录、转账记录等证据，以备不时之需。
3. 诚信原则：双方在协商过程中应当遵循诚信原则，不得欺诈、胁迫或恶意串通损害对方利益。

四、法律后果

如果一方未按照协商结果履行义务，另一方有权要求其承担违约责任。违约责任的具体形式可能包括支付违约金、赔偿损失等，具体取决于双方之间的约定以及相关法律法规的规定。

五、特殊情况处理

如果协商过程中出现了争议或无法达成一致意见的情况，双方可以寻求第三方调解或仲裁机构的帮助来解决问题。如果问题仍然无法解决，双方还可以考虑通过法律途径来维护自己的权益。

建议：在顺风车出行过程中，如果双方对高速费的承担问题有异议或需要协商，建议提前进行沟通并明确约定。这样不仅可以避免后续的纠纷和争议，还可以确保双方的权益得到保障。如果有任何法律问题或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。