调解显失公平并不仅仅指数额较大的款数差异，而是指调解协议的内容在整体上明显违背公平原则，导致一方当事人承受了不合理的义务或放弃了不合理的权利。针对您提出的“该赔2000元但协议只赔1000元”的情况，这确实可能是调解显失公平的一种表现，但还需要结合具体情境来综合判断。

调解显失公平的法律背景

在法律上，调解显失公平通常指的是在调解过程中，由于一方当事人的优势地位、信息不对称、缺乏经验或紧迫情况等因素，导致调解协议的内容对另一方当事人明显不公平。这种不公平可能体现在数额上，也可能体现在其他条款上，如责任分配、履行方式等。

数额差异与调解显失公平的关系

1. 数额差异是判断因素之一：数额上的显著差异确实是判断调解是否显失公平的一个重要因素。如果赔偿数额明显低于实际损失或应赔偿的数额，且这种差异没有合理的解释或依据，那么可能构成调解显失公平。

2. 需结合其他因素综合判断：然而，数额差异并不是唯一的判断标准。还需要考虑调解过程中的具体情况，如双方当事人的谈判地位、信息掌握程度、是否受到胁迫或欺诈等。如果一方当事人在调解过程中处于明显劣势地位，且这种劣势地位导致了不公平的调解结果，那么即使数额差异不大，也可能构成调解显失公平。

针对您提出的情况的分析

在您提出的情况中，“该赔2000元但协议只赔1000元”，如果这一差异是由于一方当事人的优势地位、信息不对称或缺乏经验等因素导致的，且没有合理的解释或依据，那么这种调解协议很可能构成显失公平。在这种情况下，受损害的当事人有权请求人民法院或仲裁机构予以撤销或变更调解协议。

法律建议

1. 收集证据：如果您认为调解协议显失公平，首先应当收集相关证据，如调解过程中的记录、双方当事人的陈述、实际损失的计算依据等。

2. 寻求法律救济：在收集到足够证据后，您可以向人民法院或仲裁机构提出申请，请求撤销或变更调解协议。法院或仲裁机构将根据具体情况进行审查，并作出相应的裁决。

3. 谨慎签订调解协议：在未来参与调解时，建议您谨慎对待调解协议的内容，确保自己的权益得到充分保障。如果对调解协议的内容有疑问或不确定，可以寻求专业律师的帮助。

总结来说，调解显失公平并不仅仅指数额上的差异，而是需要结合调解过程中的具体情况来综合判断。如果您认为调解协议显失公平，应当及时收集证据并寻求法律救济。如果您有任何法律问题或需要进一步的帮助，请随时向我咨询。