结论：在只封存了纸质病历的医疗纠纷中，院方理论上存在修改不利自己的电子病历的可能性，但这种行为是违法的，且一旦被发现，将面临严重的法律后果。
一、院方修改电子病历的违法性
法律禁止性规定：
- 根据《医疗事故处理条例》第五十八条，医疗机构或其他有关机构若涂改、伪造、隐匿、销毁病历资料，将受到卫生行政部门的严厉处罚，包括责令改正、给予警告，对负有责任的主管人员和其他直接责任人员依法给予行政处分或者纪律处分，情节严重的，还可能被吊销执业证书或者资格证书。
病历的真实性要求：
- 病历资料是医疗事故技术鉴定的重要依据，其真实性直接关系到司法鉴定的准确性和公正性。若院方修改电子病历，将破坏病历的真实性，进而影响医疗纠纷的正确处理。
二、患者如何应对院方可能修改电子病历的情况
及时封存病历：
- 患者或患者家属在发现医疗纠纷后，应立即要求医院封存病历，包括纸质病历和电子病历（如可能）。封存时，医患双方应共同确认并签封病历复制件，注明封存日期和签字信息，以确保病历的完整性和真实性。
收集其他相关证据：
- 除了病历外，患者还应收集挂号单、检查检验报告、医疗费票据、医患沟通记录（如短信、微信聊天记录、录音等）以及证人证言等，以全方位还原医疗过程，为后续的法律程序提供有力支持。
申请病历真实性鉴定：
- 在法律程序中，患者可以向法院申请对病历的真实性、完整性进行司法鉴定。若鉴定结果证实病历被篡改，将对医院极为不利，患者可以据此主张自己的权益。
追究医院法律责任：
- 根据相关法律法规，医院篡改病历可能面临行政处罚（如警告、罚款、吊销执业证书等）和刑事责任（如医疗事故罪等）。患者可以向卫生行政部门投诉举报，要求其查处违法行为，并可以通过民事诉讼要求医院承担赔偿责任。
三、法律建议
保持冷静和理智：
- 面对医疗纠纷和可能的病历篡改情况，患者或患者家属应保持冷静和理智，避免采取过激行为或发表不当言论，以免影响后续的法律程序。
寻求专业法律帮助：
- 在整个过程中，寻求具有医疗纠纷处理经验的律师的帮助至关重要。律师可以提供法律咨询、代理诉讼等服务，确保患者的合法权益得到充分保障。
关注法律程序进展：
- 患者应密切关注法律程序的进展，及时了解鉴定结果、法院判决等信息，并根据情况调整自己的策略和诉求。
四、可能的法律后果
若院方未修改电子病历：
- 医疗纠纷将按照正常的法律程序进行处理，患者可以根据病历资料和其他相关证据主张自己的权益。
若院方修改了电子病历：
- 一旦被发现，院方将面临严重的法律后果，包括行政处罚和刑事责任。同时，患者可以据此主张病历不真实，要求重新进行医疗事故技术鉴定或提起民事诉讼要求赔偿。
总结：在只封存了纸质病历的医疗纠纷中，患者应密切关注院方可能修改电子病历的情况，并采取及时封存病历、收集其他相关证据、申请病历真实性鉴定、追究医院法律责任等措施来维护自己的权益。同时，寻求专业法律帮助也是确保权益得到充分保障的重要途径。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。