结论：员工“跑路”（即擅自离职）后，其工资是否发放需根据具体情况判断，但员工有权获得其实际工作期间应得的工资，公司不得因员工擅自离职而拒绝支付。不过，若员工擅自离职给公司造成损失，公司可依法要求赔偿，但这与工资支付是两个独立的法律关系。
一、员工擅自离职，工资仍应支付
法律依据：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第五十条：“工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。”
- 《中华人民共和国劳动合同法》第三十条也规定：“用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。”
法律分析：
- 员工擅自离职，虽然违反了公司的规章制度或劳动合同中的约定，但这并不构成公司拒绝支付工资的理由。
- 工资是劳动者提供劳动后应得的报酬，与劳动者是否擅自离职无关。公司不得因员工擅自离职而克扣或拖欠其工资。
二、公司可要求赔偿损失，但需另行主张
法律依据：
- 《中华人民共和国劳动合同法》第九十条：“劳动者违反本法规定解除劳动合同，或者违反劳动合同中约定的保密义务或者竞业限制，给用人单位造成损失的，应当承担赔偿责任。”
法律分析：
- 若员工擅自离职给公司造成了实际损失（如招聘费用、培训费用、生产中断损失等），公司有权要求员工进行赔偿。
- 但这种赔偿请求与工资支付是两个独立的法律关系。公司不能因要求赔偿而拒绝支付员工应得的工资。公司应通过合法途径（如劳动仲裁或诉讼）另行主张赔偿。
三、实际操作建议
对于员工：
- 擅自离职并非明智之举，可能面临公司要求赔偿的风险。
- 若因特殊原因需离职，应提前与公司沟通并办理离职手续，确保工资和社保等权益不受影响。
对于公司：
- 若员工擅自离职，公司应及时与其联系并要求其回来办理离职手续。
- 若员工拒绝回来或无法联系，公司应按照法律规定支付其应得的工资，并保留相关证据（如工作记录、考勤记录等）以备后续可能的赔偿请求。
- 若员工擅自离职给公司造成了实际损失，公司应收集相关证据并通过合法途径（如劳动仲裁或诉讼）要求员工进行赔偿。
重要提示：在整个过程中，无论是员工还是公司，都应保留好相关证据以支持自己的主张。若遇到复杂的劳动纠纷问题，建议直接向我咨询以获取更专业的法律帮助。