针对职工代表董事选举程序不合法的情况，一般需要重新选举，但在特定条件下也可以考虑补选。以下是对这一问题的详细分析：
一、重新选举的情况
选举程序严重违法：
- 如果选举过程中存在严重的违法行为，如贿选、伪造选票、违反选举程序等，这些行为直接影响了选举结果的公正性和合法性。在这种情况下，为了维护公司治理的公正性和透明度，通常需要重新进行选举，以确保选举结果的合法性和有效性。
选举结果无效：
- 如果选举程序的不合法导致选举结果被认定为无效，那么原有的选举结果将不能作为职工代表董事的任职依据。此时，公司需要重新组织选举，以选出符合法律规定的职工代表董事。
二、补选的情况
选举程序存在轻微瑕疵：
- 如果选举程序虽然存在某些瑕疵，但这些瑕疵并未对选举结果的公正性和合法性产生实质性影响，且可以通过补正措施予以纠正，那么可以考虑进行补选。例如，选举过程中遗漏了某些必要的公告或通知，但并未影响选民的投票权，此时可以通过补发公告或通知的方式进行补正，并在此基础上进行补选。
特定职位空缺：
- 如果职工代表董事因辞职、解职或其他原因导致职位空缺，且该职位的选举程序在之前并未存在严重违法或无效的情况，那么公司可以考虑在剩余任期内进行补选，以填补职位空缺。但需要注意的是，补选应当遵循相同的选举程序和标准，以确保补选结果的合法性和有效性。
三、法律建议
审查选举程序：
- 公司应当首先审查选举程序是否存在违法或无效的情况，包括选举过程的记录、选票的保管、选举结果的公告等。如果发现选举程序存在严重问题，应当及时采取措施予以纠正。
咨询专业律师：
- 在处理职工代表董事选举程序不合法的问题时，公司应当咨询专业律师的意见。律师可以根据具体情况提供法律建议，帮助公司确定是重新选举还是补选，并指导公司完成后续的选举程序。
确保选举公正透明：
- 无论选择重新选举还是补选，公司都应当确保选举过程的公正性和透明度。这包括制定明确的选举程序、保障选民的投票权、公开选举结果等。只有确保选举的公正性和透明度，才能维护公司治理的稳定性和有效性。
总结来说，职工代表董事选举程序不合法时，公司需要根据具体情况判断是重新选举还是补选。如果选举程序存在严重违法或无效的情况，通常需要重新选举；如果选举程序存在轻微瑕疵或特定职位空缺，且可以通过补正措施予以纠正，那么可以考虑进行补选。在处理此类问题时，公司应当咨询专业律师的意见，并确保选举过程的公正性和透明度。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。