结论：在公司厕所抽烟被开除是否有赔偿，需根据具体情况判断，主要看公司规章制度是否合法有效、是否明确将抽烟列为严重违纪行为，以及该行为是否达到足以解除劳动合同的程度。以下从不同角度进行分析：
一、公司规章制度合法有效且明确抽烟为严重违纪
规章制度合法性：
- 根据《劳动合同法》第四条，用人单位应当依法建立和完善劳动规章制度，保障劳动者享有劳动权利、履行劳动义务。
- 规章制度需经民主程序制定（如职工代表大会或全体职工讨论），且内容不违反法律、行政法规及政策规定，并向劳动者公示或告知。
抽烟作为严重违纪：
- 若公司规章制度明确将“在禁烟区抽烟”列为严重违反规章制度的行为，且该规定合法有效，则公司有权依据《劳动合同法》第三十九条解除劳动合同，且无需支付经济补偿。
实际案例：
- 例如，某公司规章制度明确规定“在厕所等禁烟区抽烟属于严重违纪，公司有权解除劳动合同”，且该制度已向员工公示。若员工仍在此区域抽烟，公司解除劳动合同的行为通常会被认定为合法。
二、公司规章制度未明确抽烟为严重违纪或规章制度不合法
规章制度未明确：
- 若公司规章制度未将抽烟列为严重违纪行为，或未明确抽烟的具体后果，则公司直接解除劳动合同可能缺乏依据。
- 在此情况下，员工有权要求公司支付违法解除劳动合同的赔偿金，标准为经济补偿的两倍（即每工作一年支付两个月工资）。
规章制度不合法：
- 若公司规章制度未经过民主程序制定，或内容违反法律、行政法规及政策规定，则该制度无效。
- 公司依据无效制度解除劳动合同的，同样需支付违法解除的赔偿金。
三、抽烟行为是否达到足以解除劳动合同的程度
行为严重性：
- 即使公司规章制度合法且明确抽烟为严重违纪，也需考虑抽烟行为是否达到足以解除劳动合同的程度。
- 例如，若员工仅偶尔抽烟且未造成严重后果，公司直接解除劳动合同可能被认定为过于严厉。
公司举证责任：
- 公司需证明员工抽烟行为确实违反了规章制度，且该行为严重到足以解除劳动合同。
- 若公司无法提供充分证据（如监控录像、证人证言等），则解除劳动合同的行为可能被认定为违法。
四、建议与行动
审查规章制度：
- 员工应首先审查公司规章制度，确认其是否合法有效、是否明确将抽烟列为严重违纪行为。
收集证据：
- 若员工认为公司解除劳动合同的行为违法，应收集相关证据（如规章制度文本、解除劳动合同通知、工资单等）以支持自己的主张。
咨询与维权：
- 员工可向我咨询具体法律问题，了解自己的权益和维权途径。
- 若公司确实违法解除劳动合同，员工有权要求公司支付赔偿金，并可通过劳动仲裁或诉讼等途径维护自己的合法权益。
总结：在公司厕所抽烟被开除是否有赔偿，需根据具体情况判断。员工应首先审查公司规章制度，了解自己的权益和义务。若认为公司解除劳动合同的行为违法，可收集证据并咨询专业律师以维护自己的合法权益。