结论：如果协议没有签字的一方否认协议，其否认的效力及法律后果需根据具体情况来判断，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：
协议成立与生效的角度：
- 一般原则：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，依法成立的合同，自成立时生效，但是法律另有规定或者当事人另有约定的除外。合同的成立通常需要双方当事人的意思表示一致，即一方发出要约，另一方作出承诺。在书面合同中，签字或盖章是双方意思表示一致的重要外在表现。
- 未签字协议的效力：如果协议未经签字的一方否认，且该协议确实未经其签字或盖章，那么从形式上看，该协议可能尚未成立或生效。然而，如果未签字的一方已经实际履行了协议中的主要义务，且对方接受的，根据法律规定，该协议仍可能被视为成立。
否认协议的理由与证据：
- 否认的理由：未签字的一方可能基于多种理由否认协议，如未收到协议文本、未同意协议内容、存在欺诈或胁迫等情形。
- 证据的重要性：在否认协议时，未签字的一方需要提供充分的证据来支持其主张。例如，如果其声称未收到协议文本，可能需要提供邮寄记录、电子邮件往来等证据；如果其声称存在欺诈或胁迫，则需要提供相关的证人证言、录音录像等证据。
法律后果与救济途径：
- 法律后果：如果未签字的一方成功否认协议，那么该协议对其不具有法律约束力。这意味着，协议中的权利义务关系将不会对该方产生任何影响。
- 救济途径：对于已经签字并希望协议生效的一方，如果未签字的一方否认协议，其可以通过协商、调解、仲裁或诉讼等方式寻求救济。在诉讼过程中，法院将根据双方提供的证据和法律规定来判断协议的效力及双方的权利义务关系。
特殊情况下的协议效力：
- 电子合同：在电子合同领域，根据《中华人民共和国电子签名法》的规定，可靠的电子签名与手写签名或者盖章具有同等的法律效力。因此，如果协议是通过电子方式签订的，并且使用了可靠的电子签名，那么即使未签字的一方否认协议，该协议仍可能被视为有效。
- 表见代理：如果未签字的一方虽然未在协议上签字，但其行为构成了表见代理（即相对人有理由相信其有代理权），那么该协议仍可能对未签字的一方产生法律约束力。
建议：在签订协议时，双方应确保协议内容明确、具体，并尽量采用书面形式签订。同时，双方应妥善保管协议文本及相关证据，以备不时之需。如果遇到未签字的一方否认协议的情况，建议及时咨询专业律师，以便根据具体情况采取合适的法律措施。