事实上履行合同并不直接构成合同的变更，但可能被视为双方以实际行为变更了合同内容。以下是对此问题的详细分析：
一、合同变更的基本原则
根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同的变更应遵循协商一致的原则，即双方当事人需就合同内容的变更达成一致意见，且最好以书面形式进行确认，以避免后续的纠纷和不确定性。这是确保合同变更合法有效的关键前提。
二、事实上履行与合同变更的关系
不直接构成变更：
- 事实上履行合同，即合同当事人按照合同约定或实际交易习惯，全面、适当地完成各自所承担的义务，这本身并不直接构成合同的变更。合同的变更需要双方明确的意思表示，并达成一致意见。
可能被视为变更：
- 然而，如果一方在履行合同过程中，其履行的主要权利义务与原合同约定不一致，且对方接受该履行，没有提出异议，那么这种事实上履行可能被视为双方以实际行为变更了合同内容。例如，买卖合同中原约定交货地点为A地，后卖方将货物运至B地，买方未提出异议并接收，即构成交货地点的实际履行变更。
三、事实上履行构成变更的条件
履行行为与原合同约定不一致：
- 一方在履行合同过程中，其履行的主要权利义务必须与原合同约定存在明显差异，这是构成事实上履行变更的前提。
对方接受该履行：
- 对方必须接受这种与原合同约定不一致的履行行为，没有提出异议或拒绝接受。这是构成事实上履行变更的关键。
双方未提出书面异议或签订补充协议：
- 在事实上履行发生后，双方未就这种变更提出书面异议或签订补充协议进行明确，但通过实际行为表明接受了这种变更。
四、法律后果及建议
继续履行：
- 如果事实上履行被视为合同变更，双方应按变更后的内容继续履行合同义务。
违约责任：
- 如果一方不履行变更后的合同义务，可能构成违约，需承担继续履行、补救措施、赔偿损失等责任。
签订书面变更协议：
- 为避免不必要的法律风险，建议双方在事实上履行发生后，及时协商并以书面形式确认变更内容。这有助于明确双方的权利和义务，减少后续纠纷的可能性。
保留证据：
- 在事实上履行及变更过程中，双方应保留所有相关证据，如送货单、收货单、聊天记录、电子邮件等，以便在争议解决时使用。
五、特殊情形下的处理
- 如果合同中的关键条款（如工作内容、价格、交货地点等）发生实际变化，而双方未就此达成一致并更新合同，这些未变更的部分可能因不再符合实际情况而被视为不合法或无效。因此，对于此类关键条款的变更，双方必须及时协商并更新合同内容。
总结来说，事实上履行合同并不直接构成合同的变更，但在特定条件下（如履行行为与原合同约定不一致且对方接受），可能被视为双方以实际行为变更了合同内容。为避免法律风险，建议双方在事实上履行发生后及时协商并以书面形式确认变更内容。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。