结论：保底工资加班是否算入，主要取决于劳动合同中的具体约定以及相关法律法规的规定。通常情况下，保底工资不包含加班费，除非劳动合同中有明确且合法的约定。

一、保底工资与加班费的性质

1. 保底工资：是用人单位与劳动者约定的最低劳动报酬标准，它仅涵盖正常工作时间内所创造的劳动价值，旨在保障劳动者的基本生活和正常工作。它是劳动者完成正常工作应得的基本收入。

2. 加班费：是劳动者在超出正常工作时间之外，按照用人单位的生产和工作需要继续提供劳动所获得的额外报酬。它是对劳动者额外劳动付出的补偿，支付标准根据加班时间的不同（如平时、周末、法定节假日）有所区别。

二、法律依据与约定情况

1. 法律依据：

   • 根据《关于工资总额组成的规定》第四条，工资总额包括加班加点工资，这表明加班工资是独立于正常工资之外的组成部分。
   • 《中华人民共和国劳动法》第四十四条明确规定了加班费的支付标准，即在不同情况下应支付不低于工资的150%至300%的工资报酬。

2. 约定情况：

   • 如果用人单位与劳动者在劳动合同中有明确约定，且该约定不违反法律法规的强制性规定，保底工资可以包含加班费。例如，合同中写明“月保底工资XX元，包含平时及周末加班费用”，此约定有效。但即便如此，折算后的正常工作时间小时工资也不得低于当地规定的小时最低工资标准。
   • 如果没有明确约定，保底工资不应当包含加班费。正常出勤情况下的保底工资是劳动者正常工作时间的工资，加班应另行支付加班费。

三、实际应用与权益保护

1. 用人单位责任：

   • 用人单位应严格按照相关法律法规的规定支付劳动者的保底工资和加班费。未按规定支付加班费的，劳动者有权向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。

2. 劳动者注意事项：

   • 在签订劳动合同时，应仔细审查关于保底工资和加班费的条款，确保自己的合法权益得到保障。如果合同中没有明确约定保底工资包含加班费，那么用人单位在劳动者加班时应另行支付加班费。
   • 如认为用人单位对于保底工资和加班费的计算与支付存在问题，应先与用人单位协商沟通；协商不成时，可依法向相关部门投诉或寻求法律援助。

四、举例说明

假设某劳动者与用人单位签订的劳动合同中约定月保底工资为3000元，但未明确约定是否包含加班费。在某个月份，该劳动者正常出勤20天，周末加班2天（每天8小时），且没有法定节假日加班。根据法律规定，该劳动者周末加班应获得的加班费为：\(3000元 \div 21.75天 \div 8小时 \times 2天 \times 8小时 \times 200\% = 551.72元\)。因此，该劳动者该月份应得的总工资为保底工资3000元加上加班费551.72元，共计3551.72元。

综上所述，保底工资与加班费是两种不同的工资类型，分别对应劳动者在正常工作时间内和超出正常工作时间所提供的劳动。用人单位应依法区分并支付这两种工资，确保劳动者的合法权益不受侵害。如果您在保底工资和加班费方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。