保底5000元通常不包含加班费，除非劳动合同中有明确且合法的约定。以下是对这一问题的详细分析：
一、保底工资与加班费的性质
保底工资：是用人单位与劳动者约定的最低劳动报酬标准，它仅涵盖正常工作时间内所创造的劳动价值，旨在保障劳动者的基本生活和正常工作。这是劳动者完成正常工作应得的基本收入。
加班费：是劳动者在超出正常工作时间之外，按照用人单位的生产和工作需要继续提供劳动所获得的额外报酬。它是对劳动者额外劳动付出的补偿，支付标准根据加班时间的不同（如平时、周末、法定节假日）有所区别。
二、法律依据与约定情况
法律依据：
- 根据《关于工资总额组成的规定》第四条，工资总额包括加班加点工资，这表明加班工资是独立于正常工资之外的组成部分。
- 《中华人民共和国劳动法》第四十四条也明确规定了加班费的支付标准，即在不同情况下应支付不低于工资的150%至300%的工资报酬。
约定情况：
- 如果用人单位与劳动者在劳动合同中有明确约定，且该约定不违反法律法规的强制性规定，保底工资可以包含加班费。例如，合同中写明“月保底工资5000元，包含平时及周末加班费用”，此约定有效。但即便如此，折算后的正常工作时间小时工资也不得低于当地规定的小时最低工资标准。
- 如果没有明确约定，保底工资则不应当包含加班费。正常出勤情况下的保底工资是劳动者正常工作时间的工资，加班应另行支付加班费。
三、实际应用与权益保护
用人单位责任：
- 用人单位应严格按照相关法律法规的规定支付劳动者的保底工资和加班费。未按规定支付加班费的，劳动者有权向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
劳动者注意事项：
- 在签订劳动合同时，应仔细审查关于保底工资和加班费的条款，确保自己的合法权益得到保障。如果合同中没有明确约定，或者约定不明确，劳动者有权要求用人单位明确说明，并在必要时寻求法律帮助。
- 如认为用人单位对于保底工资和加班费的计算与支付存在问题，应先与用人单位协商沟通；协商不成时，可依法向相关部门投诉或寻求法律援助。
四、举例说明
假设某劳动者与用人单位签订的劳动合同中约定月保底工资为5000元，但未明确是否包含加班费。在这种情况下，如果劳动者在正常工作时间之外加班，用人单位应另行支付加班费。如果劳动合同中明确约定月保底工资5000元包含加班费，且折算后的正常工作时间小时工资不低于当地规定的小时最低工资标准，则该约定有效。但劳动者仍需注意，这种约定可能并不合理，因为加班费是对额外劳动的补偿，不应被计入保底工资中。
总结与建议：
- 劳动者在签订劳动合同时，应明确保底工资是否包含加班费，并仔细审查相关条款。
- 如果用人单位未按规定支付加班费，劳动者有权向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
- 在遇到法律问题时，劳动者可以直接向我咨询，我会根据具体情况提供专业的法律建议。