银行柜员将假币当真币收取且金额达五万元以上的，该行为涉嫌违法犯罪，将面临刑事处罚及银行内部的纪律处分。以下从法律责任和银行内部处理两个角度进行详细分析：

一、法律责任

1. 刑事责任

根据《中华人民共和国刑法》第一百七十二条的规定，明知是伪造的货币而持有、使用，数额较大的，处三年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处一万元以上十万元以下罚金；数额巨大的，处三年以上十年以下有期徒刑，并处二万元以上二十万元以下罚金；数额特别巨大的，处十年以上有期徒刑，并处五万元以上五十万元以下罚金或者没收财产。

虽然该法条直接规定的是“持有、使用假币罪”，但银行柜员作为金融机构工作人员，将假币当真币收取，实际上也构成了对假币的“使用”行为，且数额达五万元以上，属于“数额巨大”的情形，因此可能面临三年以上十年以下有期徒刑，并处二万元以上二十万元以下罚金的刑事处罚。

此外，如果银行柜员与伪造货币的犯罪分子存在通谋，为其提供便利条件的，还可能构成伪造货币罪的共犯，面临更严厉的刑事处罚。

1. 行政责任

除了刑事责任外，银行柜员还可能面临行政处罚。根据《中华人民共和国中国人民银行法》第四十六条的规定，购买伪造、变造的人民币或者明知是伪造、变造的人民币而持有、使用，构成犯罪的，依法追究刑事责任；尚不构成犯罪的，由公安机关处十五日以下拘留、一万元以下罚款。虽然在此案例中，银行柜员的行为已构成犯罪，但此条款体现了对假币相关违法行为的行政处罚原则。

二、银行内部处理

1. 纪律处分

银行作为金融机构，对员工的职业操守和业务规范有严格要求。银行柜员将假币当真币收取，严重违反了银行的业务操作规程和职业道德规范，因此银行将对其给予严厉的纪律处分，包括但不限于警告、记过、降级、撤职、开除等。

1. 赔偿损失

银行柜员的行为给银行造成了经济损失（如需要向客户赔偿假币损失、承担因假币流入市场而引发的相关费用等），银行有权要求其承担赔偿责任。

1. 内部调查与整改

银行还将对此事件进行内部调查，查明原因、分清责任，并采取措施防止类似事件再次发生。这可能包括加强员工培训、完善业务操作流程、加强内部监督等。