结论：在没有合同和运单且时间较长的情况下，要追回运费，可尝试通过收集其他证据证明运输事实及运费金额，与对方协商解决；协商不成，可考虑通过法律途径解决，但需注意诉讼时效问题。以下为详细分析：
一、证据收集
其他书面证据：
- 尽管没有正式的合同和运单，但任何与运输相关的书面材料都可能成为证据，如电子邮件、短信、微信聊天记录等，其中可能包含运输的货物信息、运费金额、运输时间等关键内容。
- 如果曾有过与对方的书面沟通，且其中提及了运费问题，这些沟通记录也应妥善保存。
证人证言：
- 如果有目击者或了解运输情况的人，他们的证言也可能对证明运输事实及运费金额有所帮助。
- 证人证言应尽可能详细，包括运输的时间、地点、货物种类、运费金额等关键信息。
其他间接证据：
- 如运输过程中的照片、视频等，虽然可能无法直接证明运费金额，但可以证明运输事实的存在。
- 如果曾向对方开具过发票或收据，即使这些单据上未明确注明运费，也可能作为辅助证据使用。
二、协商解决
尝试沟通：
- 在收集到一定证据后，可尝试与对方进行沟通，明确提出运费支付的要求，并展示所收集的证据。
- 沟通时应保持冷静和理性，避免情绪化的言辞，以增加协商成功的可能性。
协商方案：
- 如果对方承认欠款但表示暂时无力支付，可考虑与对方签订还款协议，明确还款时间和方式。
- 如果对方否认欠款或拒绝协商，则需考虑通过法律途径解决。
三、法律途径
诉讼时效：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。
- 如果从运输完成之日起算，已经超过了三年，且没有诉讼时效中断、中止的情形，那么可能面临诉讼时效届满的风险，对方可能以此为由进行抗辩。但如果有证据证明在此期间曾向对方主张过权利（如通过邮件、短信等方式催款），则可能构成诉讼时效的中断，诉讼时效重新计算。
起诉准备：
- 如果决定通过法律途径解决，需准备起诉状及相关证据材料，向有管辖权的人民法院提起诉讼。
- 起诉状应明确列明原告、被告的基本信息、诉讼请求、事实与理由等关键内容。
诉讼过程：
- 在诉讼过程中，需积极配合法院的调查和审理工作，提供必要的证据和证人证言。
- 如果法院最终判决对方支付运费，但对方仍不履行判决义务，可申请法院强制执行。
四、风险提示
证据不足风险：
- 如果没有足够的证据证明运输事实及运费金额，可能面临败诉的风险。
- 因此，在诉讼前应尽可能收集充分的证据，以增加胜诉的可能性。
诉讼成本风险：
- 诉讼过程中可能产生诉讼费、律师费等费用，需做好相应的经济准备。
- 如果最终败诉，这些费用可能无法得到全额赔偿。
执行风险：
- 即使胜诉并获得法院判决支持，如果对方没有可供执行的财产或拒不履行判决义务，也可能面临执行难的问题。
建议：在处理此类纠纷时，应优先考虑通过协商解决，以节省时间和成本。如果协商不成，再考虑通过法律途径解决。同时，在未来的业务中，应尽可能签订书面合同并保留好运单等关键证据，以避免类似纠纷的发生。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。