核心结论：因系统原因导致薪资重复发放的，员工应当将重复发放的部分退回给公司，以下是具体操作建议和法律分析：

1. 及时与公司沟通
   首先，建议您第一时间联系公司财务或人力资源部门，说明情况并确认重复发放的具体金额。公司通常会通过内部系统或书面通知要求员工退回多发的工资，此时应积极配合，避免因拖延引发不必要的纠纷。
   法律依据：根据《中华人民共和国民法典》第122条，因他人没有法律根据取得不当利益的，受损失的人有权请求其返还不当利益。重复发放的工资属于“不当得利”，员工有义务返还。

2. 明确退款方式与流程
   与公司协商确定退款方式，例如通过银行转账退回至公司账户，或由公司在下月工资中直接扣除重复部分。建议保留退款凭证（如转账记录、书面确认单等），以证明已履行返还义务。
   注意：若公司要求从下月工资中扣除，需确保扣除后剩余工资不低于当地最低工资标准，否则可能违反《工资支付暂行规定》第16条关于“部分扣除”的限制。

3. 特殊情况处理

   • 若公司未主动联系：即使公司未发现或未要求返还，员工也应主动退回。若长期未处理，公司可能通过法律途径追偿，甚至影响个人征信。
     
   • 若已使用重复发放的工资：需尽快筹集资金返还，避免因恶意占有被追究法律责任（如侵占罪，但需达到刑事立案标准）。
     
   • 若公司存在过错：例如因公司系统故障导致重复发放，员工可要求公司出具书面说明，明确责任归属，但返还义务仍需履行。

4. 预防纠纷的建议

   • 保留工资条、银行流水等证据，证明重复发放的事实。
     
   • 退款时要求公司出具收据或书面确认，避免后续争议。
     
   • 若对金额或流程有疑问，可要求公司通过邮件或书面形式说明，确保沟通留痕。

总结：重复发放工资属于不当得利，员工有法律义务返还。建议主动沟通、明确流程、保留证据，以合法合规的方式解决问题。如有其他疑问，欢迎随时向我咨询。