结论：公司借款协议上仅盖有公章和法人私章，在多数情况下是有效的，但具体效力还需根据协议内容、签订过程及相关法律规定综合判断。以下从不同角度进行详细分析：

1. 公章的效力：

   • 公章是公司对外进行法律行为的重要标识，具有代表公司意志的效力。在借款协议上加盖公章，通常意味着公司认可该协议的内容，并愿意承担相应的法律责任。

2. 法人私章的效力：

   • 法人私章，即法定代表人的个人印章，虽然它本身不代表公司意志，但在法定代表人本人签字或盖章的情况下，可以视为法定代表人对协议内容的确认。在借款协议上同时加盖法人私章，可以进一步增强协议的真实性和可信度。不过，若仅有法人私章而无法定代表人签字，且无法证明该私章系法定代表人本人加盖或授权加盖，则可能影响协议的效力认定。

3. 协议内容与签订过程的合法性：

   • 除了盖章外，借款协议的内容必须合法、明确，且签订过程必须符合法律规定。例如，协议中应明确借款金额、利率、还款期限等关键条款，且双方应在平等、自愿的基础上签订协议。如果协议内容存在违法或模糊之处，或者签订过程存在欺诈、胁迫等情形，那么即使协议上加盖了公章和法人私章，也可能被认定为无效。

4. 相关法律规定：

   • 根据《中华人民共和国民法典》等相关法律法规的规定，民事法律行为应当具备行为人具有相应的民事行为能力、意思表示真实、不违反法律或者社会公共利益等条件。因此，在判断借款协议的效力时，需要综合考虑上述因素。

建议：

• 为了确保借款协议的效力，建议在签订协议时除了加盖公章和法人私章外，还要求法定代表人签字确认。
• 同时，应仔细审查协议内容，确保条款合法、明确，且签订过程符合法律规定。
• 如果对协议的效力存在疑虑或争议，建议及时咨询专业律师进行法律分析和风险评估。

可能后果：

• 如果借款协议被认定为有效，那么公司需要按照协议约定履行还款义务，否则可能面临法律诉讼和强制执行等风险。
• 如果借款协议被认定为无效或可撤销，那么公司可能不需要承担还款义务，但可能需要承担因协议无效或可撤销而产生的其他法律责任，如返还已收取的借款、赔偿对方因此遭受的损失等。

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