领导不通过公司直接扣下属钱，这一行为通常是不合法的。以下从几个不同角度为你详细分析：
从劳动合同和公司规章制度的角度：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位与劳动者应当按照劳动合同的约定，全面履行各自的义务。劳动合同中一般会明确劳动者的工资、奖金等劳动报酬的支付方式和标准。如果领导未经公司正式程序，擅自扣除下属工资，这很可能违反了劳动合同的约定。
- 同时，公司规章制度也是规范员工行为和管理的重要依据。如果公司规章制度中没有明确规定领导有权直接扣除下属工资，或者规定不合法、不合理，那么领导的行为同样是不合法的。
从工资支付和扣除的合法性的角度：
- 根据《工资支付暂行规定》等相关法律法规，用人单位不得无故克扣劳动者工资。工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠。
- 如果领导要扣除下属工资，必须基于合法、合理的理由，如员工违反公司规章制度、造成经济损失等，并且需要按照公司规定的程序进行，如先与员工沟通、确认损失金额、报请上级审批等。未经这些程序，直接扣除工资是不合法的。
从劳动仲裁和法律救济的角度：
- 如果下属认为领导的行为不合法，侵犯了自己的合法权益，可以向劳动仲裁机构申请劳动仲裁，要求用人单位支付被扣除的工资，并可能要求用人单位支付经济补偿金或赔偿金。
- 在劳动仲裁过程中，下属需要提供相关证据，如劳动合同、工资条、扣除工资的记录等，以证明自己的主张。如果仲裁结果支持下属的诉求，用人单位需要履行仲裁裁决，支付相应的款项。
建议：
- 如果你作为下属遇到了这种情况，首先应当与领导进行沟通，了解扣除工资的具体原因和依据。
- 如果沟通无果，或者你认为领导的行为不合法，可以向公司的人力资源部门或上级领导反映情况，寻求帮助。
- 如果问题仍然得不到解决，你可以考虑向劳动仲裁机构申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
在处理这类问题时，务必保留好相关证据，如工资条、扣除记录、沟通记录等，以便在需要时提供证明。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。