当公司诊所接受检查时，如果负责人不在场，可以遵循以下建议来妥善处理这种情况：

首先，尽管负责人不在，但诊所必须确保有具备执业医师资格的人员在场坐诊。这是保证诊所正常运营和患者安全的基本要求。这名执业医师应该能够应对检查过程中的专业问题，并展示诊所的医疗水平和合规性。

其次，如果负责人确实无法到场，建议提前与检查部门进行沟通，说明情况并请求理解。同时，可以安排诊所内的其他管理人员或工作人员负责接待检查人员，并协助他们完成检查工作。这些人员应该对诊所的运营情况有充分了解，并能够回答检查人员可能提出的问题。

此外，为了应对可能出现的任何问题或需要即时解决的事项，建议诊所保持与负责人的通讯畅通。这样，在检查过程中如果遇到需要负责人决策或确认的问题，可以迅速取得联系并获取指导。

最后，诊所应该加强内部管理，确保在日常运营中严格遵守相关法律法规和规章制度。这样，即使负责人不在场，也能确保诊所的合规性和患者安全。同时，诊所也可以考虑制定应急预案，以应对类似负责人不在场的突发情况。

综上所述，当公司诊所接受检查而负责人不在场时，应确保有执业医师在场、提前与检查部门沟通、保持与负责人的通讯畅通，并加强内部管理和应急预案的制定。这些措施将有助于确保诊所的合规性和患者安全，同时降低因负责人不在场而带来的潜在风险。