在特殊减员申请原因的选择上，应优先考虑“个人已与单位不存在实施劳动关系”这一选项。以下是对此问题的详细分析：

1. 选项含义解析：

   • 法人代表减员：这一选项通常指的是因法人代表（即公司负责人或法定代表人）的变更、离职或其他原因导致的减员。它更多关注的是法人代表这一特定职位的变动，而非员工与单位之间劳动关系的实际状态。
   • 个人已与单位不存在实施劳动关系：这一选项直接反映了员工与单位之间劳动关系的实际状态。当员工因离职、退休、被解雇或其他原因与单位终止劳动关系时，应选择此选项。

2. 选择依据：

   • 准确性：选择“个人已与单位不存在实施劳动关系”能够更准确地反映员工与单位之间的实际关系状态。这有助于社保部门或其他相关机构准确了解员工的社保缴纳情况、劳动关系状态等，从而避免不必要的纠纷或误解。
   • 合规性：在劳动法律框架下，员工与单位之间的劳动关系状态是确定双方权利义务的基础。选择符合实际情况的减员原因，有助于确保减员过程的合规性，避免违反相关法律法规。

3. 可能后果与建议：

   • 选择错误后果：如果错误地选择了“法人代表减员”作为减员原因，可能会导致社保部门或其他相关机构对员工的劳动关系状态产生误解，进而影响员工的社保权益、就业证明开具等后续事宜。
   • 建议：在办理特殊减员申请时，应仔细核对员工的劳动关系状态，确保选择正确的减员原因。如果对减员原因的选择存在疑问或不确定，建议咨询专业的劳动法律人士或社保部门工作人员，以确保减员过程的顺利进行。

4. 特殊情况处理：

   • 如果员工确实是因为法人代表的变更或离职等原因导致减员，但同时也与单位终止了劳动关系，那么在这种情况下，应优先考虑员工与单位之间的劳动关系状态，选择“个人已与单位不存在实施劳动关系”作为减员原因。因为法人代表的变更或离职并不直接影响员工与单位之间的劳动关系状态。

综上所述，在特殊减员申请原因的选择上，应优先考虑“个人已与单位不存在实施劳动关系”这一选项，以确保减员过程的准确性、合规性和顺利进行。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。