结论：车上没人时，运管查到乘客（实际指车辆及可能存在的非法营运行为）是否会被处罚，主要取决于车辆的性质、是否存在非法营运行为以及是否有相关证据。无论车辆是否载客，只要存在非法营运或违反营运规范的行为，运管部门都有权依法进行查处。
分析如下：
车辆性质与营运资质
- 营运车辆：如出租车、网约车等，这些车辆需具备合法的运营资质，包括道路运输经营许可证、车辆营运证以及驾驶员从业资格证等。若车辆从事经营性运输活动但未取得相应资质，即便当时车上没有乘客，也会被认定为非法营运并受到查处。例如，出租车空驶拒载可能违反出租车管理条例，网约车无证运营或未按规定接单，同样会受到运管部门的监管和处罚。
- 非营运车辆：如私家车等，一般情况下，当车内没有乘客且未从事经营性运输活动时，运管部门不会对其进行与营运相关的查处。但若非营运车辆涉嫌非法营运（如没有资质却拉客收费），即便当时车上没有乘客，运管部门也有权展开调查并依法处理。
法律依据与处罚
- 根据《中华人民共和国道路运输条例》等相关规定，未取得道路运输经营许可擅自从事道路客运经营的，将面临没收违法所得、罚款等处罚。这明确指出了非法营运的法律后果。
- 同时，《中华人民共和国道路交通安全法》等规定也指出，未取得机动车驾驶证或未取得相应营运资格驾驶营运车辆的，也将面临罚款、拘留等处罚。这进一步强调了合法驾驶和营运的重要性。
实际处理情况与证据收集
- 运管部门在查处时，会综合考虑车辆性质、是否存在营运行为以及是否有相关证据等因素。这包括车辆的行驶轨迹、接单记录、乘客证言（如果有的话，但在此情况下可能更多依赖其他证据）等，以形成完整的证据链来支持查处决定。
- 若车辆被认定为营运车辆且存在非法营运行为，无论车上是否有乘客，运管部门都有权依据相关法律法规进行查处。
法律建议：
- 对于营运车辆，应确保具备合法的运营资质，并严格遵守营运规范，避免空驶拒载等行为。
- 对于非营运车辆，应避免从事经营性运输活动，以免涉嫌非法营运。
- 若车辆被运管部门查处，应积极配合调查，提供相关证据以证明自己的合法性。如有异议，可依法申请行政复议或提起行政诉讼。
可能后果：
- 若车辆被认定为非法营运，将面临没收违法所得、罚款等处罚，甚至可能被吊销营运资质或驾驶证。
- 若车辆未涉嫌非法营运，但存在其他违法行为（如超速、闯红灯等），将依法受到相应的交通违法处罚。
如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。