关于事业单位自动离职人员单位是否需要支付补偿的问题，这主要取决于自动离职的具体情形以及相关法律法规的规定，以下分情况讨论：

1. 员工主动提出离职且符合法定程序：

   • 如果员工是主动提出离职，并且按照《中华人民共和国劳动合同法》的规定，提前三十日以书面形式通知了用人单位（在试用期内则需提前三日），那么在这种情况下，员工自动离职通常被视为合法解除劳动合同。根据法律规定，单位无需支付经济补偿，除非双方另有约定或者劳动合同中有特别规定。

2. 员工因单位违法行为而离职：

   • 如果员工是因为单位存在违法行为（如未按时支付劳动报酬、未提供劳动保护或劳动条件、未依法缴纳社会保险费等）而选择自动离职，那么这被视为员工因单位过错而被迫解除劳动合同。根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，单位应当向员工支付经济补偿。经济补偿的标准通常按照员工在单位的工作年限，每满一年支付一个月工资的标准向员工支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向员工支付半个月工资的经济补偿。

3. 员工未按规定程序离职：

   • 如果员工未按照法定程序提前通知单位就擅自离职，这可能被视为违法解除劳动合同。在这种情况下，单位不仅无需支付经济补偿，还可以要求员工承担因擅自离职给单位造成的损失。不过，实践中单位要求员工赔偿损失的情况相对较少，且需要单位能够证明损失的具体数额和因果关系。

4. 特殊情形下的补偿问题：

   • 对于事业单位中的某些特殊岗位或特殊情形的员工（如工伤员工、孕期、产期、哺乳期的女员工等），其离职和补偿问题可能受到更严格的法律保护。例如，工伤员工在停工留薪期内或者工伤认定后、劳动能力鉴定结论作出前，单位一般不得解除劳动合同；孕期、产期、哺乳期的女员工在特定条件下也享有不被解除劳动合同的权利。如果单位在这些特殊情形下违法解除劳动合同，不仅需要支付经济补偿，还可能需要支付更高的赔偿金。

建议：

• 对于员工而言，在决定自动离职前，应仔细了解相关法律法规和劳动合同中的约定，确保自己的离职行为合法合规，并尽可能维护自己的合法权益。
• 对于单位而言，在处理员工离职问题时，应严格遵守法律法规和劳动合同中的约定，避免违法解除劳动合同或侵犯员工的合法权益。如果员工擅自离职给单位造成损失，单位可以通过合法途径追究员工的责任。

总结：事业单位自动离职人员单位是否需要支付补偿，取决于离职的具体情形以及相关法律法规的规定。在处理这类问题时，建议双方都咨询专业律师或法律顾问的意见，以确保自己的权益得到妥善维护。如果你有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。