针对您提出的“拟作出行政许可时有违法行为怎么处理”的问题，这是一个涉及行政许可制度严肃性和公正性的重要议题。以下是我为您提供的详细解答：
一、违法行为识别与初步处理
在拟作出行政许可的过程中，如果发现被许可人存在违法行为，行政机关首先会进行详细的调查和取证，以确认违法行为的性质、情节和危害程度。一旦确认存在违法行为，行政机关会立即责令被许可人停止该行为，并要求其在规定期限内进行改正，以确保其活动符合法律规定和行政许可的要求。
二、具体处理措施
警告与罚款：
- 对于情节较轻的违法行为，行政机关会给予警告，提醒被许可人重视并避免再次发生类似行为。
- 同时，根据违法行为的性质、情节和危害程度，行政机关有权对被许可人处以一定数额的罚款，以起到惩戒作用。
没收违法所得：
- 如果被许可人通过违法行为获得了非法利益，行政机关将依法予以没收，以剥夺其经济收益，并防止其继续利用这些非法利益进行违法活动。
吊销或撤销行政许可：
- 对于严重违法从事行政许可活动的行为，如果其行为已无法继续维持行政许可的有效性，行政机关将吊销其行政许可。
- 如果行政许可的取得存在违法情形，如欺骗、贿赂等不正当手段，行政机关将依法撤销该行政许可，并宣告基于该许可所进行的活动自始无效。
行政处分与行政赔偿：
- 对于直接负责的主管人员和其他直接责任人员，其所在单位、上级机关或监察机关将依法给予行政处分，以追究其管理责任。
- 如果行政机关的违法行为给当事人的合法权益造成了损害，行政机关还将依照国家赔偿法的规定给予赔偿，以保障当事人的合法权益。
追究刑事责任：
- 如果违法从事行政许可活动的行为情节严重，触犯了刑法的相关规定，行政机关将案件移送司法机关，依法追究当事人的刑事责任。
- 同时，如果行政机关工作人员在办理行政许可、实施监督检查过程中存在严重违法行为且构成犯罪的，也将依法追究刑事责任。
三、法律依据与监督机制
- 行政机关对违法从事行政许可活动的行为的处理主要依据《中华人民共和国行政许可法》及其他相关法律法规。这些法律法规为行政机关提供了明确的法律指导和依据，确保了处理措施的合法性和有效性。
- 此外，行政机关还鼓励任何个人或组织发现违法从事行政许可事项的活动时，向行政机关反映和举报。行政机关将对社会力量的反映和举报予以重视，并认真处理，以及时发现并纠正违法行为。
四、结论与建议
综上所述，拟作出行政许可时如果发现违法行为，行政机关将采取多种措施进行处理，包括警告、罚款、没收违法所得、吊销或撤销行政许可、行政处分、行政赔偿以及追究刑事责任等。这些措施旨在维护行政许可制度的严肃性和公正性，保障公共利益和当事人的合法权益。
对于被许可人而言，我建议其在申请行政许可和从事相关活动时，务必严格遵守法律法规和行政许可的要求，避免任何违法行为的发生。同时，如果发现自身或他人存在违法行为，应及时向行政机关反映和举报，以共同维护行政许可制度的正确实施和公共利益的安全。