三方协议印章和学生实习手册的印章可以不一样，但需分情况讨论：

1. 法律未强制要求印章一致
   从法律层面看，三方协议（通常指学校、学生、实习单位签订的协议）和学生实习手册的印章无强制统一要求。两者功能不同：

   • 三方协议是明确三方权利义务的合同，需实习单位公章或合同专用章以证明法律效力；
     
   • 实习手册更多用于记录实习过程（如考勤、评价），通常由实习单位部门章或人事章盖章即可，甚至部分单位可能仅需签字确认。
     结论：若单位内部管理允许，印章不一致不影响协议效力，但需确保盖章主体与协议/手册内容匹配（如手册盖章单位需与协议中的实习单位一致）。

2. 需警惕的例外情形

   • 单位内部规定冲突：若实习单位明确要求“所有文件必须加盖公章”，则手册使用部门章可能被拒认，导致实习评价无效或影响学分认定；
     
   • 学校特殊要求：部分高校可能规定“实习手册需加盖与协议一致的公章”，此时需以学校要求为准，否则可能影响实习成绩或毕业流程；
     
   • 印章真实性风险：若一方印章系伪造（如协议用假公章、手册用真章），可能引发合同无效、欺诈等法律纠纷，此时印章是否一致已非核心问题，真实性才是关键。

3. 实务建议

   • 提前确认要求：签订协议前，学生应向学校和实习单位同时确认“对印章的具体要求”（如是否必须公章、是否允许部门章），避免后续纠纷；
     
   • 留存盖章依据：若单位允许手册用部门章，建议要求单位出具书面说明（如“XX部门章可代表我司确认实习内容”），并加盖公章备查；
     
   • 关注内容一致性：无论印章是否一致，协议和手册中的实习单位名称、实习期限等关键信息必须完全一致，否则可能因“主体矛盾”被认定无效。

总结：印章是否一致需结合单位规定、学校要求及文件性质判断，法律未强制统一，但实务中需以“确保文件效力、避免纠纷”为原则处理。如有具体案例或单位规定，可进一步向我说明，我会结合细节分析风险点。