关于实习三方协议盖的章和就业协议的章能否不一样的问题，这主要取决于协议的具体内容和签订时的实际情况，但从常规操作和协议的法律效力角度来看，两者最好是保持一致的。以下是对这一问题的详细解答：
一、三方协议与就业协议的基本性质
三方协议：全称《全国普通高等学校毕业生就业协议书》，由学校、用人单位、毕业生三方共同签订，是明确三方在就业择业过程中权利义务关系的书面协议。它主要解决毕业生档案、户口迁移等就业手续问题，并对签约的三方均具有约束力。
就业协议：通常指的是毕业生与用人单位在正式建立劳动关系前，就就业意向、工作内容、薪资待遇等达成的初步协议。在实际情况中，就业协议往往与三方协议在内容上有所重叠，但侧重点可能略有不同。不过，在很多情况下，三方协议本身就可以被视为一种就业协议。
二、盖章的一致性要求
法律效力：无论是三方协议还是就业协议，一旦签订并盖章，就具有法律效力。如果两者盖章不一致，可能会引发关于协议真实性和有效性的争议。
操作便利性：从实际操作的角度来看，保持盖章的一致性可以简化流程，避免不必要的麻烦。例如，在办理档案迁移、户口落户等手续时，如果协议盖章不一致，可能需要额外的证明材料来解释和确认。
学校要求：学校在统计就业率、办理派遣手续时，通常要求提供加盖了用人单位公章的就业协议或三方协议。如果盖章不一致，可能会影响学校的正常流程和毕业生的相关权益。
三、特殊情况的处理
实习与就业分离：如果实习和就业是两个完全独立的阶段，且实习协议并不涉及就业意向和后续工作安排，那么实习协议上的盖章与就业协议上的盖章可以不同。但这种情况较为少见，且需要明确区分实习和就业的界限。
公司变更或重组：在极少数情况下，如果公司在签订实习协议后发生了变更或重组，导致公章发生变化，那么就业协议上的盖章可能会与实习协议上的盖章不同。但这种情况需要提供充分的证明材料来解释和确认。
四、建议
谨慎签约：在签订任何协议前，都要仔细阅读协议内容，确保理解并同意其中的条款。特别是关于盖章的部分，要明确要求使用公司的正式公章，并核对公章名称与用人单位名称是否一致。
保持沟通：在签订协议过程中，要与学校和用人单位保持密切沟通，确保双方对协议内容无异议，并按照规定流程进行盖章和回传。
保存证据：签订协议后，要妥善保存协议原件和复印件，以备不时之需。如果发生争议或纠纷，这些证据将起到至关重要的作用。
综上所述，实习三方协议盖的章和就业协议的章最好是保持一致的，以避免不必要的麻烦和争议。如果确实存在特殊情况导致盖章不一致，需要提供充分的证明材料来解释和确认。