正式员工因家庭原因申请在家办公，薪资计算需根据具体情况分以下几种处理方式：

1. 劳动合同或公司制度有明确约定
   若劳动合同、员工手册或公司规章制度中已明确规定“远程办公期间薪资标准”（例如按原薪资的80%发放、扣除交通补贴等），则应优先适用约定条款。此时公司需确保制度制定程序合法（如经民主程序公示），否则可能因“显失公平”被认定无效。
   法律依据：《劳动合同法》第35条，变更劳动合同需双方协商一致；第4条，规章制度需经民主程序并公示。

2. 双方协商一致变更薪资
   若合同无约定，公司可与员工协商调整薪资结构（如降低绩效工资比例、暂停发放岗位津贴等），但需签订书面协议明确变更内容、期限及恢复条件。协商过程中，公司需避免以“不批准在家办公”为由胁迫员工接受降薪，否则可能构成未及时足额支付劳动报酬的违法行为。
   风险提示：若协商未达成一致，公司单方降薪可能触发员工被迫解除劳动合同并主张经济补偿金（《劳动合同法》第38条、第46条）。

3. 公司未协商单方调整薪资
   若公司未经协商直接降低薪资，员工可主张：

   • 要求公司补发工资差额；
     
   • 以“未及时足额支付劳动报酬”为由解除劳动合同，并主张经济补偿金（按工作年限，每满1年支付1个月工资）；
     
   • 向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
     例外情形：若员工因家庭原因长期无法到岗且未提供劳动，公司可按规章制度中“旷工”条款处理，但需提前告知后果并留存证据。

4. 特殊情形下的薪资保护

   • 医疗期或停工留薪期：若员工因家庭成员患病需照顾且符合医疗期条件（如配偶患重病需护理），公司不得降低薪资，应按原工资的70%-100%支付病假工资（《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》）。
     
   • 三期女职工：若员工为孕期、产期、哺乳期女性，公司不得因家庭原因降薪或解除合同（《妇女权益保障法》第27条）。

建议行动步骤：

1. 员工：先查阅劳动合同和公司制度，确认是否有远程办公薪资条款；若无，与公司协商并保留书面协议；若公司违法降薪，可收集工资条、考勤记录等证据申请仲裁。
   
2. 公司：制定合法合规的远程办公制度，明确薪资调整规则；与员工协商时留存书面记录；避免单方强制降薪，可通过调整绩效目标、暂停非必要补贴等方式灵活处理。
   

如有具体合同条款或公司制度需要分析，可直接提供细节，我会进一步结合案例为您解读。