核心结论：在行政许可项目已立项，但立项依据的上位法规定修改的情况下，后续手续的办理需根据上位法修改的具体内容、项目性质及行政机关的要求综合判断，通常需按以下步骤处理：

1. 评估上位法修改对项目的影响
   首先需详细对比新、旧上位法的规定，明确修改内容是否直接涉及项目的核心要件（如许可条件、审批流程、禁止性规定等）。若修改内容与项目无关或仅涉及程序性调整（如申报材料格式要求），则项目可继续推进；若修改内容涉及实质性要件（如环保标准提高、产业政策调整等），则需进一步分析项目是否符合新规要求。

2. 与行政机关沟通确认
   根据《行政许可法》第八条、第四十六条，行政机关对许可事项有解释权，且需遵循“信赖保护原则”（即合法设立的许可不得随意撤销）。建议项目方主动联系原审批机关或上级主管部门，提交新上位法文本及项目材料，书面询问：

   • 项目是否需按新规重新申报或补充材料；
     
   • 若项目已部分实施，是否需暂停并整改；
     
   • 行政机关是否会出具书面意见明确项目合法性。
     （示例：若新规要求“项目需在立项后6个月内开工”，而原立项文件未明确此期限，则需确认是否需补充期限约定。）

3. 分情况处理后续手续

   • 情况一：项目符合新规要求
     若项目经评估完全符合新上位法规定，且行政机关确认无需调整，则可继续办理后续手续（如施工许可、环评审批等），但需在申报材料中主动说明“立项依据已更新，项目符合新规”。
     
   • 情况二：项目需部分调整以符合新规
     若项目需修改设计方案、增加环保设施等才能符合新规，需先完成调整并取得行政机关认可（如通过补充环评、规划变更等程序），再继续后续手续。
     
   • 情况三：项目与新规存在根本冲突
     若新规明确禁止此类项目（如高污染产业限批），或项目无法通过调整满足新规要求，则需考虑终止项目或申请行政机关依据《行政许可法》第八条第二款“为了公共利益的需要”给予补偿（如已投入成本）。

4. 注意程序合法性
   无论何种情况，均需确保后续手续的办理符合新上位法规定的程序要求（如公示、听证、专家评审等）。若行政机关要求按旧规办理，项目方可要求其出具书面依据；若行政机关无正当理由拒绝按新规处理，可依法申请行政复议或提起行政诉讼。

建议：项目方应尽快委托律师对上位法修改内容进行法律分析，并协助与行政机关沟通，避免因程序延误或实体违法导致项目风险。如有具体项目文件或新规文本，可进一步向我提供，我将结合细节出具更精准的法律意见。