合作协议不能仅通过在纸质版上写作废两字就表明作废。以下从不同角度为你详细分析：

法律效力的角度

1. 合同作废的法定形式：合同的作废，通常涉及到合同的解除、终止或无效等情形。这些情形的发生，往往需要满足一定的法律条件，并遵循法定的程序。仅仅在纸质版合同上写作废两字，并不符合这些法定条件和程序，因此不能产生合同作废的法律效果。
2. 书面合同的变更与解除：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，当事人协商一致，可以变更合同。合同的解除也需要遵循一定的程序和条件，如通知对方、协商一致或符合法定解除情形等。在纸质版合同上简单写作废，并不等同于双方协商一致变更或解除合同。

实际操作的角度

1. 合同管理的规范性：在商业实践中，合同的管理需要遵循一定的规范性和严谨性。仅仅在纸质版合同上写作废，可能会导致合同管理的混乱和纠纷的产生。例如，如果双方对合同的作废存在争议，那么这份被写作废的合同可能会成为争议的焦点。
2. 证据效力的考量：在法律纠纷中，证据的效力是至关重要的。仅仅在纸质版合同上写作废，可能无法作为有效的证据来证明合同的作废。因为这种行为缺乏正式性和规范性，容易被质疑其真实性和合法性。

建议的操作方式

1. 协商一致并签署书面文件：如果双方确实希望作废合作协议，应该通过协商一致的方式，并签署书面的解除或终止协议。这样既可以确保双方的权利义务得到明确，也可以避免后续的法律纠纷。
2. 遵循法定程序：在作废合同的过程中，如果涉及到需要通知对方、办理相关手续等法定程序，应该严格按照法律规定进行操作。这样可以确保合同作废的合法性和有效性。

总结来说，合作协议不能仅通过在纸质版上写作废两字就表明作废。为了确保合同作废的合法性和有效性，双方应该通过协商一致的方式，并遵循法定的程序和条件来操作。如果你在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。