将产品定制费加在运费里本身并不直接违法，但具体是否合法需结合合同约定、交易习惯及法律规定综合判断。以下从不同角度为你详细分析：
1. 合同约定优先
- 若合同明确约定定制费包含在运费中：根据《民法典》第四百六十五条，依法成立的合同受法律保护，双方应按约定履行。此时，将定制费加在运费里的行为合法，双方均需遵守合同条款。
- 若合同未约定或约定不明：需结合交易习惯、行业惯例或双方后续协商确定。若无法达成一致，可能引发纠纷，此时需依据法律规定或公平原则处理。
2. 交易习惯与行业惯例
- 若行业普遍将定制费计入运费：例如某些定制家具行业，定制费可能作为运费的一部分收取，此时该行为合法且合理。
- 若行业惯例明确区分定制费与运费：如物流行业通常单独收取运费，定制费另计，此时将定制费加在运费里可能构成违约或欺诈，需承担相应责任。
3. 法律规定与公平原则
- 避免显失公平：根据《民法典》第六条，民事主体从事民事活动应遵循公平原则。若将定制费加在运费里导致价格显著高于市场水平，可能被认定为显失公平，对方有权请求变更或撤销合同。
- 禁止欺诈或误导：若通过虚增运费方式隐瞒定制费，可能构成欺诈，需承担《消费者权益保护法》第五十五条规定的“退一赔三”责任（若对方为消费者）。
4. 税务合规性
- 发票开具需规范：根据《税收征收管理法》及发票管理办法，销售方应按实际交易内容开具发票。若将定制费计入运费，需确保发票项目与实际业务一致，否则可能涉嫌偷逃税款，面临税务处罚。
法律建议
- 明确合同条款：在签订合同时，应清晰约定定制费与运费的计算方式、支付时间及发票开具要求，避免歧义。
- 保留交易证据：如聊天记录、邮件、报价单等，以证明双方对费用构成的共识。
- 咨询专业意见：若对费用构成或合同条款有疑问，建议提前咨询律师，确保交易合法合规。
若你遇到具体纠纷或需要进一步分析，可直接向我咨询，我会结合你的实际情况提供详细解答。