业主方与总包方达成调解的行为可能损害实际施工人权益时，实际施工人可通过以下两种途径维权：

1. 以第三人身份申请撤销调解协议（程序救济）
   根据《民事诉讼法》第59条，若调解协议内容直接涉及实际施工人权益（如工程款支付、质量责任等），实际施工人可作为“有独立请求权第三人”或“无独立请求权第三人”申请参与诉讼。若调解已达成但未履行，可在知道权益受损之日起6个月内，向作出调解书的法院申请撤销调解协议，主张调解程序违法或实体内容侵害其权益。
   关键点：需证明调解协议与自身存在法律上的直接利害关系（如实际施工人系工程款最终权利人），且调解过程未保障其参与权。

2. 直接起诉业主方或总包方（实体救济）

   • 突破合同相对性主张权利：根据《建设工程司法解释（一）》第43条，实际施工人可突破合同相对性，直接起诉转包人、违法分包人（即总包方）及发包人（业主方），要求在欠付工程款范围内承担责任。即使业主方与总包方已调解，若调解未实际履行或业主方仍欠付工程款，实际施工人仍可主张权利。
     
   • 主张调解协议无效或可撤销：若调解协议存在恶意串通（如业主方与总包方虚构债务以逃避实际施工人债权）、以合法形式掩盖非法目的等情形，实际施工人可依据《民法典》第154条主张调解协议无效；若调解协议显失公平（如业主方放弃对总包方的合法抗辩导致实际施工人无法追偿），可主张撤销。
     关键点：需收集证据证明调解存在恶意或显失公平（如调解笔录、付款记录、工程结算文件等）。

操作建议：

1. 立即向法院申请调取调解案件卷宗，分析调解协议内容是否涉及自身权益；
   
2. 同步向业主方、总包方发送《律师函》，明确主张工程款债权并要求暂停履行调解协议；
   
3. 若调解协议已进入执行阶段，可依据《民事诉讼法》第234条提出执行异议，主张对执行标的享有优先受偿权（如工程价款优先受偿权）。
   

风险提示：
若实际施工人未在法定期限内主张权利，或无法证明调解协议侵害其权益，可能面临败诉风险。建议尽快委托律师介入，通过诉讼保全、证据固定等措施维护权益。