结论：用人单位超过两年未与劳动者签订劳动合同，劳动者仍有权主张部分权益，但双倍工资赔偿的请求受时效限制，超过两年部分不再支持双倍工资赔偿，但入职满一个月至满一年期间的双倍工资赔偿请求仍有效（最多11个月）。此外，劳动者还可主张视为订立无固定期限劳动合同后的稳定劳动关系及违法解除时的双倍经济补偿，以及补缴社会保险费用及因未缴纳导致的损失赔偿。
详细分析
一、双倍工资赔偿的时效与计算
法律依据：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》第八十二条，用人单位自用工之日起超过一个月不满一年未与劳动者订立书面劳动合同的，应当向劳动者每月支付二倍的工资。
计算方式：
- 双倍工资的计算时间从用工满一个月的次日起，至满一年的前一日止，最多不超过11个月。例如，若劳动者月工资为5000元，则双倍工资赔偿为5000元/月×11月=55000元。
时效限制：
- 劳动者主张双倍工资差额的仲裁时效为一年，从知道或应当知道权利被侵害之日起计算。由于已经超过两年未签劳动合同，对于超过一年后的部分，劳动者无法再主张双倍工资赔偿。但入职满一个月至满一年期间的双倍工资赔偿请求仍有效，劳动者需在时效内及时主张。
二、视为订立无固定期限劳动合同
法律依据：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》第十四条，用人单位自用工之日起满一年不与劳动者订立书面劳动合同的，视为用人单位与劳动者已订立无固定期限劳动合同。
后续处理与赔偿：
- 用人单位应立即与劳动者补订书面劳动合同，确保劳动关系的稳定。
- 若用人单位违反规定解除或终止劳动关系，需按照经济补偿标准的二倍向劳动者支付赔偿金。经济补偿按劳动者在本单位工作的年限计算，每满一年支付一个月工资的标准，六个月以上不满一年的按一年计算，不满六个月的支付半个月工资的经济补偿。
三、补缴社会保险及损失赔偿
法律依据：
- 用人单位有义务为劳动者缴纳社会保险，未签订劳动合同期间也应补缴相应社保费用。
处理方式与赔偿：
- 劳动者可要求用人单位补缴未签合同期间的社会保险费用，以确保享受社会保险待遇的权利。
- 若因用人单位未缴纳社保导致劳动者遭受损失（如无法享受医疗保险待遇而自行垫付医疗费用等），用人单位还应承担相应赔偿责任。
维权建议
及时收集证据：
- 劳动者应收集能证明与用人单位存在事实劳动关系的证据，如工资支付记录、工作证、考勤记录、同事证言等，以备后续维权使用。
协商沟通：
- 首先尝试与用人单位协商，要求其支付相应的赔偿，包括双倍工资差额、补缴社保费用等，通过和平方式解决纠纷较为高效。
申请劳动仲裁：
- 若协商无果，劳动者可向当地劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁，提交相关证据材料，由仲裁委依法裁决。注意仲裁时效为一年，从知道或应当知道权利被侵害之日起计算。
提起诉讼：
- 对仲裁结果不服的，劳动者可在规定时间内向人民法院提起诉讼，由法院进一步审理并作出判决。
示例说明
假设劳动者小张于2020年1月1日入职某公司，但公司一直未与其签订劳动合同。至2022年12月31日，小张在公司已工作满三年。此时，小张仍有权主张2020年2月1日至2020年12月31日期间的双倍工资差额（最多11个月），但无法再主张2021年1月1日之后的双倍工资赔偿。同时，小张可视为已与公司订立无固定期限劳动合同，并要求公司补缴社会保险费用。若公司违法解除劳动关系，小张还可主张双倍经济补偿。
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