结论：协商离职是可以的，但具体是否需要提交离职申请以及离职的相关事宜，需依据公司的内部规定和双方的协商情况来确定。以下从多个角度进行详细分析：

1. 协商离职的法律基础：

   • 协商离职，即协商解除劳动合同，是用人单位与劳动者通过平等协商，就解除劳动合同的相关事宜达成一致意见的过程。根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，双方协商一致可以解除劳动合同，这是协商离职的法律基础。

2. 离职申请的性质与协商离职的关系：

   • 离职申请一般是劳动者单方面向用人单位提出离职的意思表示。然而，在协商离职的情况下，双方已经通过协商达成了共识，这种合意已经替代了劳动者单方提出辞职的情形。因此，从法律角度讲，协商离职并不需要劳动者再单独提交离职申请。

3. 公司内部规定对协商离职的影响：

   • 尽管法律上没有强制要求协商离职时提交离职申请，但某些公司可能出于内部管理流程和档案记录的需要，要求劳动者提交离职申请。在这种情况下，劳动者可以按照公司要求提交，但应在申请中明确注明是基于协商一致解除劳动合同，以避免产生误解。

4. 协商离职的注意事项：

   • 明确约定：无论是否需要提交离职申请，双方都应就解除的具体事宜进行明确约定，包括解除的时间、补偿等关键条款。
   • 书面确认：为保障双方权益，协商结果应以书面形式予以确认。这可以是协商解除劳动合同协议，也可以是其他形式的书面文件。
   • 沟通明确：如有疑问或不明确之处，劳动者应及时与用人单位沟通，明确权责归属，避免后续纠纷。

5. 协商离职可能产生的法律后果：

   • 如果双方协商一致并签订了协商解除劳动合同协议，那么该协议即具有法律效力，双方需按约履行。如果一方违反协议约定，另一方有权依法追究其法律责任。
   • 如果协商离职过程中存在欺诈、胁迫等情形，导致协议无效或可撤销，那么受损害方有权依法请求人民法院或仲裁机构变更或撤销该协议。

建议：在协商离职时，劳动者应充分了解公司的具体要求和内部规定，与用人单位进行充分沟通，明确双方的权利和义务。同时，为保障自身权益，劳动者应要求将协商结果以书面形式确认，并妥善保管相关证据。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。