结论：劳动合同中约定休息日签订（这里理解为约定休息日工作或调整休息日）的合法性，主要取决于是否遵守了国家关于工作时间和休息休假的法律法规，以及是否保障了劳动者的合法权益。具体来说，可以从以下几个方面进行分析：
基本法律依据：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第三十八条，用人单位应当保证劳动者每周至少休息一日。这是劳动合同中关于休息日安排的基本法律依据。若劳动合同中的约定违反了这一基本原则，如完全剥夺了劳动者的休息日，则该约定不合法。
工时制度考量：
- 标准工时制：在标准工时制下，劳动者每日工作时间不超过八小时，平均每周工作时间不超过四十四小时。若劳动合同约定在休息日工作，但通过其他方式（如调休）确保了劳动者每周至少休息一日，且周总工作时长未超过法定标准，则该约定合法。
- 不定时工作制和综合计算工时工作制：这两种工时制需经劳动行政部门审批。在综合计算工时工作制下，计算周期内总工时不能超过法定标准。若劳动合同约定在休息日工作，但计算周期内总工时未超标，且已获得劳动行政部门审批，则该约定合法。
加班与补偿：
- 若劳动合同约定在休息日工作，且无法安排调休，用人单位应依法支付加班费。根据《中华人民共和国劳动法》第四十四条，休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，应支付不低于工资的百分之二百的工资报酬。若用人单位未支付加班费，则该约定不合法。
特殊情况处理：
- 对于特殊行业或岗位，可能无法实行标准双休日制度。此时，用人单位可根据国家有关规定，实行其他工作和休息办法。但无论如何安排，都必须保证劳动者每周至少休息一日，且总工作时间不超标。若劳动合同中的约定符合这一要求，则合法。
劳动者权益保护建议：
- 审查劳动合同：劳动者在签订劳动合同时，应仔细审查合同中关于工作时间、休息休假等条款，确保其符合法律法规规定。
- 保留证据：若用人单位在休息日安排工作，劳动者应保留相关证据（如工作记录、加班通知等），以便在发生纠纷时维护自身权益。
- 维权途径：若用人单位违反劳动合同约定或法律法规，侵犯劳动者休息权等合法权益，劳动者可通过向劳动监察部门投诉、申请劳动仲裁或提起诉讼等途径进行维权。
用人单位合规建议：
- 遵守法律法规：用人单位在安排劳动者工作和休息时间时，应严格遵守国家关于工作时间和休息休假的法律法规。
- 协商一致：若需在休息日安排工作，用人单位应与劳动者协商一致，并依法支付加班费或安排调休。
- 完善制度：用人单位应建立完善的工时制度和管理制度，确保劳动者的合法权益得到保障。
综上所述，劳动合同中约定休息日工作的合法性取决于是否遵守了相关法律法规和保障了劳动者的合法权益。若您在劳动合同签订或履行过程中遇到相关问题，可以直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供专业的法律建议。