结论：员工辞职时，用人单位原则上应当结清工资，这是法律明确规定且必须履行的义务。不过，具体支付时间可能因用人单位的工资发放制度及双方协商情况而有所不同。

法律规定与依据

1. 《工资支付暂行规定》第九条：劳动关系双方依法解除或终止劳动合同时，用人单位应在解除或终止劳动合同时一次付清劳动者工资。这一规定明确了用人单位在劳动合同终止时的工资支付义务，确保员工在离职后能够及时获得应得的劳动报酬。

2. 《中华人民共和国劳动法》第五十条：工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。这进一步强调了工资支付的及时性和完整性，保护劳动者的合法权益。

3. 《中华人民共和国劳动合同法》第三十条：用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。这一条款再次确认了用人单位的工资支付责任，无论员工是否离职，都应按时足额支付工资。

具体情况分析与处理

1. 正常辞职并办理离职手续

   • 员工按照法定程序提前通知用人单位（一般提前30日以书面形式，试用期内提前3日），并办理好工作交接等离职手续后，用人单位应立即结清工资。这是最常见且理想的情况，有助于维护良好的劳资关系。
   • 示例：小王提前30日向公司提交书面辞职申请，并完成工作交接，公司应在离职当天结清其工资，包括基本工资、绩效工资、奖金等应得收入。

2. 自动离职（未按规定辞职）

   • 即使员工未遵循法定程序离职，用人单位仍应结清工资。但用人单位可根据规章制度对员工自动离职行为进行处理，如扣除因离职造成的损失赔偿（需有明确约定且合理）。
   • 示例：小李擅自离职，导致公司项目延误，公司在核算工资时扣除项目延误损失后，仍需支付剩余工资给小李。

3. 特殊情况协商处理

   • 若因财务结算周期等原因无法立即结清工资，用人单位应与员工协商确定合理的支付时间，并得到员工同意。这种情况下，双方应签订书面协议，明确支付时间和金额，以避免后续纠纷。
   • 示例：小张辞职时公司正处于财务年度结算期，经协商，公司承诺在结算完成后5个工作日内结清工资，并签订了书面协议。

工资结算规则

• 结算时间：员工办理完离职手续的当日或约定合理期限内。若因特殊原因需延迟支付，应与员工协商并签订书面协议。
• 结算标准：按实际工作天数和双方约定的工资标准进行计算。包括正常工作时间的工资、加班工资、奖金、津贴和补贴等应得收入。
• 结算内容：应涵盖劳动者在职期间应得的全部报酬，确保无遗漏。

劳动者权益保障措施

• 与公司协商：首先尝试与公司协商解决，保留相关证据如聊天记录、通话录音等，以便在协商无果时作为投诉或仲裁的依据。
• 向劳动监察部门投诉：若协商无果，可向当地劳动监察部门投诉，要求责令公司限期支付工资。劳动监察部门有权对用人单位的工资支付情况进行监督检查，并责令其改正。
• 申请劳动仲裁：若公司仍拒绝支付，劳动者可向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，通过法律途径维护自身权益。仲裁委员会会根据事实和法律作出裁决，要求公司支付工资及可能的赔偿金。

注意事项与建议

• 提前通知与交接：劳动者在辞职前应确保按照法定程序提前通知用人单位，并办理好工作交接手续，以确保离职过程的顺利进行。
• 证据收集：在离职过程中，劳动者应注意收集能证明自己工作时间、工作量以及工资标准等方面的证据，如考勤记录、工作成果、工资条等，以备不时之需。
• 了解规定：劳动者在入职时应详细了解用人单位的工资发放制度及相关规定，以便在离职时能够做出合理的预期和安排。

综上所述，员工辞职时工资应当结清，这是保障劳动者合法权益的基本要求。用人单位应严格遵守相关法律法规，及时足额支付劳动者应得的工资报酬。无论员工是正常辞职、自动离职还是特殊情况下的协商处理，用人单位都有义务在劳动合同解除或终止时结清工资。若遭遇工资未结清的情况，劳动者应依法维护自己的权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。