若检察院作出不起诉决定，家属在公安阶段已退赔的款项，可按以下方式处理：

1. 退赔款项的性质认定
   退赔款项通常指犯罪嫌疑人或家属向公安机关退缴的违法所得、赃款赃物或赔偿被害人损失的款项。若检察院不起诉，需区分退赔款项的性质：

   • 违法所得/赃款赃物：根据《刑事诉讼法》第177条，检察院不起诉后，公安机关应将扣押的违法所得返还权利人（如原主或被害人）。若家属代为退赔，且款项已被公安机关收缴，可向公安机关申请返还，但需证明款项来源合法且与案件无关（如超出应退赔范围的部分）。
     
   • 赔偿被害人损失：若退赔款项是用于赔偿被害人，且被害人已实际接收，即使检察院不起诉，该赔偿行为通常不可撤销（因被害人已获得实际补偿）。但若赔偿协议存在欺诈、胁迫等情形，家属可另行通过民事诉讼主张返还。
     

2. 申请返还的具体流程

   • 向公安机关提交申请：家属需准备书面申请，说明退赔款项的性质、金额、退赔时间，并附相关证据（如退赔凭证、不起诉决定书等），要求公安机关返还多余款项或解除扣押。
     
   • 公安机关审查与处理：公安机关应在收到申请后依法审查，若认定款项确属应返还范围，应出具返还手续；若存在争议，可能要求家属通过复议或诉讼解决。
     
   • 复议或诉讼途径：若公安机关拒绝返还，家属可向其上级机关申请复议，或直接向法院提起行政诉讼，要求确认公安机关扣押行为违法并返还财产。
     

3. 注意事项与风险提示

   • 证据保留：家属需妥善保存退赔凭证、不起诉决定书、与公安机关的沟通记录等，以证明退赔事实及款项性质。
     
   • 时效限制：申请返还的期限可能受行政复议或诉讼时效限制（通常为知道权利被侵害之日起6个月内），需及时主张权利。
     
   • 款项性质争议：若退赔款项涉及赃款与合法财产混同（如用合法收入退赔），需通过司法审计或财产来源证明区分，否则可能面临返还困难。
     

建议：家属可先与公安机关沟通，明确退赔款项的处理意向；若协商无果，及时委托律师介入，通过法律程序主张权利。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体操作流程。