行政机关在认定货车车主与运输公司之间是否形成挂靠关系时，通常会综合考虑多个因素，这些因素主要包括合同关系、实际运营情况、费用支付以及管理控制等方面。以下是对这些因素的详细分析：

1. 合同关系：

   • 行政机关会首先审查货车车主与运输公司之间是否签订了挂靠合同或相关协议。这些合同或协议中通常会明确双方的权利义务，包括车辆的所有权、使用权、收益权以及管理责任等。
   • 如果双方签订了明确的挂靠合同，且合同内容符合法律法规的规定，那么这将是认定挂靠关系的重要依据。

2. 实际运营情况：

   • 行政机关会考察货车的实际运营情况，包括车辆的行驶路线、运输任务、货物种类等。如果货车长期以运输公司的名义进行运营，且运输任务由运输公司安排，那么这可能表明双方存在挂靠关系。
   • 同时，行政机关还会关注货车的运营收益归属。如果运营收益主要归属于运输公司，而货车车主仅获取固定费用或分成，那么这也可能是挂靠关系的一个表现。

3. 费用支付：

   • 行政机关会审查货车车主与运输公司之间的费用支付情况。在挂靠关系中，货车车主通常需要向运输公司支付一定的挂靠费用或管理费。
   • 如果双方存在定期的费用支付记录，且费用支付与挂靠合同或相关协议中的约定相符，那么这将是认定挂靠关系的另一个重要依据。

4. 管理控制：

   • 行政机关还会考察运输公司对货车的实际管理控制情况。在挂靠关系中，运输公司通常会对货车进行一定程度的管理和控制，包括车辆的安全检查、维修保养、驾驶员的培训和管理等。
   • 如果运输公司对货车进行了实际的管理和控制，且货车车主对此表示认可或接受，那么这也可能表明双方存在挂靠关系。

在认定挂靠关系时，行政机关还会注意以下几点：

• 避免形式主义：不能仅凭双方签订了挂靠合同就认定存在挂靠关系，还需要结合实际运营情况、费用支付以及管理控制等因素进行综合判断。
• 保护合法权益：在认定挂靠关系时，行政机关会注重保护货车车主和运输公司的合法权益，避免因为认定不当而导致一方权益受损。
• 依法行政：行政机关在认定挂靠关系时，必须严格遵守相关法律法规的规定，确保认定过程的合法性和公正性。

如果货车车主或运输公司对行政机关的认定结果有异议，可以通过法律途径进行申诉或诉讼。在此过程中，建议双方咨询专业律师，以便更好地维护自己的合法权益。如果你有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。