结论前置：实习生没有提前三日提出辞职，通常不应直接扣发其实习期的全部工资，但实习生可能需根据实习协议的约定承担相应责任。以下从多个角度进行详细分析：
一、法律规定与合同约定
法律层面：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，劳动者在试用期内提前三日通知用人单位，可以解除劳动合同。这一规定主要适用于正式员工试用期，对于实习生虽无直接规定，但实习生的离职通知义务可参照此原则理解。
- 实习生与用人单位之间通常不构成正式的劳动关系，而是基于实习协议或劳务合同建立的民事法律关系。因此，实习生的离职通知期限和方式可能更多地受实习协议的约束。
合同层面：
- 如果实习协议中明确规定了实习生需要提前通知的期限（如提前三天），且实习生未遵守该规定，那么用人单位可能有权根据协议内容追究实习生的违约责任。
- 但需注意，即使实习协议中有此类规定，用人单位也不得随意克扣实习生的工资。工资的扣除应当有明确的法律依据或合同约定，并且不得违反法律法规的强制性规定。
二、工资扣除的合法性分析
一般情况下不得扣工资：
- 实习生提供了劳动，就有权获得相应的报酬。用人单位不得以实习生未提前通知离职为由，单方面决定扣除其全部或部分工资。
特殊情况下的责任承担：
- 如果实习生的突然离职给用人单位造成了实际损失（如招聘费用、培训费用等），且实习协议中有相关约定，那么用人单位可以要求实习生承担相应的赔偿责任。但这种赔偿责任的承担应当通过合法途径进行，如协商、调解或诉讼等，而不是直接扣发工资。
三、实际操作建议
查看实习协议：
- 实习生应首先查看自己的实习协议，了解其中关于离职通知期限和工资支付的具体规定。
与用人单位沟通：
- 如果确实无法提前通知离职，建议实习生与用人单位进行沟通，说明情况并寻求解决方案。双方可以通过协商达成一致意见，避免不必要的纠纷。
保留证据：
- 在整个过程中，实习生应保留好相关证据（如工作记录、工资条、实习协议等），以备不时之需。如果用人单位拒绝支付工资或要求实习生承担不合理的赔偿责任，实习生可以依据这些证据维护自己的合法权益。
四、可能的法律后果
- 如果用人单位违反法律规定或实习协议的约定，随意克扣实习生的工资或要求实习生承担不合理的赔偿责任，实习生可以向当地劳动监察部门投诉或向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，以维护自己的合法权益。
总结：实习生没有提前三日提出辞职，并不意味着用人单位可以直接扣发其实习期的全部工资。实习生应了解自己的权益和义务，并在遇到问题时依法维权。同时，我也建议实习生在离职时尽量遵循正当的离职流程，与用人单位进行友好沟通，以确保工作的顺利交接和自身权益的保障。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。