结论：入职体检医院检查了乙肝三对，是否可以起诉医院，需根据具体情况来判断，不能一概而论。以下从不同角度为你详细分析：
一、从医院行为合法性角度
若医院行为违反法律法规：
- 根据相关规定，除国家法律、行政法规和卫生部规定禁止从事的易使传染病扩散的工作外，用人单位不得以劳动者携带乙肝表面抗原为理由拒绝招用或者辞退乙肝表面抗原携带者。同时，医疗机构也不得在入职体检中擅自进行乙肝项目检测（除特定岗位如特警职位等外）。
- 如果医院在入职体检中擅自进行了乙肝三对检查，且该检查并非出于医疗必要或法律法规的明确要求，那么医院的行为可能违反了相关法律法规，侵犯了劳动者的隐私权。在此情况下，你有权向医院提出异议，并可以考虑通过法律途径维护自己的合法权益，如向当地卫生行政部门投诉或提起民事诉讼。
若医院行为合法合规：
- 如果医院进行乙肝三对检查是基于医疗必要，如你本身存在肝脏疾病的症状或体征，或者该检查是特定岗位入职体检的明确要求（且该要求符合法律法规的规定），那么医院的行为可能是合法合规的。
- 在此情况下，你通常无法仅因医院进行了乙肝三对检查而起诉医院。但如果你认为医院在检查过程中存在其他违法行为，如泄露你的个人信息等，你可以根据实际情况考虑是否采取法律措施。
二、从起诉的可行性和实际效果角度
起诉的可行性：
- 起诉医院需要具备一定的法律条件和证据支持。你需要能够证明医院的行为确实违反了相关法律法规，并且该行为给你造成了实际的损害或影响。
- 如果你无法提供充分的证据来支持你的主张，或者医院的行为并未构成明显的违法行为，那么起诉医院可能面临较大的困难。
起诉的实际效果：
- 即使你成功起诉了医院，也需要考虑起诉的实际效果。如果医院的行为并未给你造成严重的损害或影响，或者你能够通过其他途径（如与医院协商、向相关部门投诉等）解决问题，那么起诉可能并不是最佳的选择。
- 此外，起诉过程可能耗时较长，且需要投入一定的精力和费用。因此，在决定是否起诉前，你需要综合考虑各种因素，权衡利弊。
三、建议与措施
与医院沟通：
- 如果你对医院进行的乙肝三对检查有异议，首先可以尝试与医院进行沟通，了解检查的原因和目的，并表达你的关切和诉求。
向相关部门投诉：
- 如果你认为医院的行为违反了相关法律法规，你可以向当地卫生行政部门或劳动监察部门投诉，寻求行政部门的帮助和支持。
咨询专业律师：
- 如果你对法律问题存在疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。我可以根据你的具体情况，为你提供专业的法律意见和建议。
最后，入职体检医院检查了乙肝三对是否可以起诉医院，需根据具体情况来判断。如果你认为医院的行为侵犯了你的合法权益，建议先与医院沟通、向相关部门投诉或咨询专业律师，以寻求最佳的解决方案。