核心结论：公司以员工在宿舍吸烟为由进行罚款是否合法需分情况讨论，若公司无合法依据则罚款行为违法，员工可采取相应措施维护权益；若公司有合法依据，员工需遵守规定，但也可对罚款合理性提出异议。以下是具体分析：

1. 公司罚款的合法性分析

• 无合法依据时：根据《劳动合同法》及相关劳动法规，用人单位并非行政机关，无权对员工进行罚款。若公司规章制度中未明确规定“宿舍吸烟属于严重违反规章制度的行为”且未经过民主程序（如职工代表大会讨论）公示，或罚款金额超出当地规定的比例（如部分地区规定罚款不得超过月工资的20%），则公司的罚款行为可能被认定为违法。
• 有合法依据时：若公司通过民主程序制定了合法有效的规章制度，明确将“宿舍吸烟”列为严重违纪行为，并规定了相应的处罚措施（如警告、记过、解除劳动合同等），且罚款金额符合法律规定，则公司有权依据规章制度对员工进行处罚。但需注意，罚款本身仍可能因违反“用人单位不得克扣工资”的原则而被质疑，更合理的做法是通过绩效扣分、警告等方式处理。

2. 员工可采取的应对措施

• 若公司罚款违法：
  1. 与公司协商：首先可与公司人力资源部门或上级沟通，说明罚款缺乏法律依据，要求撤销罚款或返还被扣款项。
  2. 向劳动监察部门投诉：若协商无果，可向当地劳动保障监察大队投诉，提供罚款通知、工资条等证据，要求劳动部门介入调查并责令公司改正。
  3. 申请劳动仲裁：若投诉未果，可向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，主张公司违法克扣工资，要求返还罚款并可能主张赔偿。
• 若公司罚款合法但不合理：
  1. 提出异议：可通过内部申诉渠道（如工会、职工代表大会）对罚款的合理性提出异议，要求公司重新审议处罚决定。
  2. 协商调整：与公司协商将罚款调整为其他处罚方式（如警告、培训等），或降低罚款金额。

3. 特殊情况：宿舍性质的影响

• 若宿舍属于公司提供的福利性住房：公司对宿舍的管理权较强，但罚款仍需符合上述合法性要求。若宿舍为租赁或员工自有住房，公司则无权直接罚款。
• 若吸烟行为引发安全隐患：如宿舍为禁烟区域（如存在易燃易爆物品），公司可依据《安全生产法》或内部安全规定对员工进行处罚，但罚款仍需合法。

4. 建议与注意事项

• 保留证据：无论采取何种措施，均需保留罚款通知、工资条、公司规章制度、沟通记录等证据，以备后续维权使用。
• 谨慎处理：若公司处罚合法且合理，建议员工接受处罚并改正行为，避免因对抗导致更严重的后果（如解除劳动合同）。
• 咨询专业意见：若对罚款的合法性或处理方式存在疑问，可直接向我咨询，我会根据具体情况提供详细建议。

总结：公司罚款是否合法需结合规章制度、民主程序、罚款金额等因素综合判断。若公司行为违法，员工可通过协商、投诉或仲裁维权；若合法但不合理，可提出异议或协商调整。建议根据具体情况谨慎处理，并保留相关证据。