结论：公司以未佩戴正确劳动防护用品为由对工伤员工罚款一千元，这一做法是否合理合法，需结合具体情况判断，若公司有合法有效的规章制度且员工确实违规，同时罚款金额符合规定，则可能合法；反之则不合法。以下从不同角度详细分析：
一、公司罚款的合法性前提
规章制度合法有效：
- 公司必须有合法、明确且经过民主程序制定的规章制度，规定员工未佩戴劳动防护用品的处罚措施。
- 规章制度需向员工公示或告知，确保员工知晓并同意。
员工确实存在违规行为：
- 公司需有证据证明员工在工伤发生时确实未佩戴正确的劳动防护用品。
- 这种违规行为需与工伤发生有直接或间接的因果关系，或者公司能证明即使佩戴了防护用品，工伤仍可能发生但程度会减轻（此点在罚款合法性上非绝对必要，但在工伤赔偿中可能影响责任划分）。
罚款金额合理：
- 根据《劳动争议调解仲裁法》及相关规定，公司对员工的罚款应合理，且不得超过员工当月工资的20%（具体比例可能因地区而异，需参考当地规定）。
- 罚款一千元是否合理，需结合员工的工资水平、违规情节的严重性等因素综合判断。
二、工伤赔偿与罚款的关系
工伤赔偿的独立性：
- 工伤赔偿是员工因工作遭受事故伤害或患职业病而应获得的法定补偿，与员工是否违规、公司是否罚款无关。
- 公司不得因员工违规而拒绝支付或减少工伤赔偿。
罚款与工伤赔偿的并行性：
- 如果公司罚款合法，员工仍需承担罚款责任，但这不影响其获得工伤赔偿的权利。
- 公司不得将罚款与工伤赔偿相抵扣或混淆。
三、具体建议
核实公司规章制度：
- 员工应要求公司出示相关规章制度，确认其是否合法有效且已公示或告知。
收集证据：
- 员工应收集证据证明自己是否佩戴了劳动防护用品，或证明即使佩戴了防护用品，工伤仍可能发生。
- 公司也应提供证据证明员工未佩戴防护用品及违规行为的严重性。
协商或申诉：
- 员工可与公司协商解决罚款问题，或向公司内部的劳动争议调解委员会申诉。
法律途径：
- 如果协商或申诉无果，员工可向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
示例：假设员工小李在工伤发生时确实未佩戴安全帽，公司依据合法有效的规章制度对其罚款五百元（假设其月工资为三千元，罚款未超过20%），则这一罚款可能是合法的。但公司仍需支付小李应得的工伤赔偿，不得因罚款而减少或拒绝支付。
进一步思考：员工在面对公司罚款时，应首先了解自己的权利和义务，核实公司罚款的合法性和合理性。如有疑问或争议，应及时咨询专业律师或相关机构，以维护自己的合法权益。同时，员工也应遵守公司的规章制度和劳动安全规定，减少工伤事故的发生。有问题可以直接向我咨询。