结论：仅持有电子合同而缺乏纸质合同，原则上不影响房产证的办理，但需满足电子合同合法有效且符合当地登记部门要求的形式要件。以下是具体分析：

1. 电子合同的法律效力
   根据《民法典》第四百六十九条及《电子签名法》第三条，电子合同与纸质合同具有同等法律效力，前提是：

   • 合同内容真实、完整，未被篡改；
     
   • 双方通过可靠电子签名（如符合《电子签名法》第十三条的数字证书签名）确认身份；
     
   • 合同签署过程符合法定程序（如双方自愿、意思表示真实）。
     若电子合同满足上述条件，其法律效力等同于纸质合同，可作为办理房产证的权属证明文件。

2. 房产证办理的实务要求
   各地不动产登记部门对合同形式的要求可能存在差异，但核心原则是：

   • 合同需通过登记部门系统核验：部分城市已推行“网签备案”制度，电子合同需通过住建部门或不动产登记系统的备案核验（如北京、上海的“一网通办”平台）；
     
   • 补充材料可能需纸质化：即使电子合同有效，登记部门可能要求提供合同打印件、签署过程记录（如短信验证码、人脸识别记录）或公证文书作为辅助材料；
     
   • 特殊情形处理：若电子合同因技术问题无法核验（如系统故障、数据丢失），登记部门可能要求补签纸质合同或出具情况说明。

3. 实务建议

   • 提前确认登记部门要求：通过当地不动产登记中心官网或电话咨询，明确电子合同是否需额外备案或公证；
     
   • 保留完整证据链：保存电子合同签署时的短信通知、邮件确认、操作日志等，以证明签署过程合法；
     
   • 协商开发商配合：若合同由开发商提供，可要求其协助将电子合同推送至登记系统或出具纸质备案证明；
     
   • 紧急情况处理：若因合同形式受阻，可依据《民法典》第一百四十三条主张合同有效，并申请登记部门依法受理。

总结：电子合同本身不构成办理房产证的障碍，但需确保其合法性及与登记流程的衔接。若遇具体问题，可进一步提供合同签署方式、登记部门反馈等信息，我将为您分析应对方案。