单位规章制度部分不合法，确实会影响其整体效力，但具体影响程度需视情况而定。以下是从不同角度对此问题的详细分析：

一、规章制度部分不合法的法律后果

1. 整体效力受影响：

   • 如果规章制度中的某一部分内容违反了法律法规的强制性规定，那么这一部分内容将被视为无效。由于规章制度是一个整体，部分内容的无效可能会引发对整体效力的质疑，尤其是在该部分内容与其他内容紧密相连或构成规章制度核心要素的情况下。

2. 对公司管理的影响：

   • 公司依据不合法的规章制度对员工进行管理，如处罚、辞退等，可能被视为违法。一旦员工提起劳动争议仲裁或诉讼，公司可能面临支付赔偿金、恢复劳动关系等法律责任。

3. 对员工权益的保护：

   • 员工无需遵守不合法的规章制度部分，且若因此遭受损失，有权要求公司赔偿。这体现了法律对员工权益的保护，防止公司利用不合法的规章制度侵害员工利益。

二、规章制度合法性的判断标准

1. 内容合法：

   • 规章制度的内容必须严格遵守《劳动法》、《劳动合同法》及其他相关法律法规的规定，不得与之相抵触。例如，不能规定违反劳动法关于加班工资支付的强制性条款，也不能设定不合理的处罚措施。

2. 程序合法：

   • 规章制度的制定应经过民主程序，如职工代表大会或全体职工讨论，并与工会或职工代表平等协商确定。此外，规章制度必须向劳动者公示或告知，确保其了解并遵守。

三、具体案例分析

假设某公司的规章制度中规定：“员工迟到一次，扣除当月全部奖金。”这一规定显然过于苛刻，违反了公平、合理的原则，可能被视为不合法。如果公司依据这一规定对员工进行处罚，员工有权提起劳动争议仲裁或诉讼，要求公司撤销处罚决定并赔偿损失。

四、法律建议

1. 审查规章制度：

   • 公司应定期审查其规章制度，确保内容合法、合理，并符合民主程序和公示要求。对于不合法的部分，应及时进行修改或废止。

2. 加强员工培训：

   • 公司应加强对员工的规章制度培训，确保员工了解并遵守合法的规章制度。同时，公司也应鼓励员工对规章制度提出意见和建议，促进规章制度的不断完善。

3. 寻求法律帮助：

   • 如果公司在制定或执行规章制度过程中遇到法律问题，应及时寻求专业律师的帮助。律师可以提供法律咨询和法律意见，帮助公司规避法律风险。

总结来说，单位规章制度部分不合法确实会影响其整体效力，公司应高度重视规章制度的合法性和合理性问题。如果你在制定或执行规章制度过程中遇到任何法律问题，可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律帮助。