结论：在合法的公益性墓地上建坟但超面积，一般由民政部门负责拆除，不过在某些情况下，也可能涉及自然资源部门或综合行政执法部门的参与。

分析说明：

1. 民政部门：

   • 职责范围：民政部门是负责殡葬管理的主要部门，包括公益性墓地的规划、建设、使用和管理等。
   • 拆除依据：如果墓地建设超出了批准的面积或违反了相关规定，民政部门有权进行查处，并可能要求拆除超面积部分或整个违规建设的坟墓。

2. 自然资源部门：

   • 职责范围：自然资源部门负责土地资源的规划、管理和监督，包括土地用途的管制和土地违法行为的查处。
   • 拆除依据：如果超面积建坟涉及非法占用土地或改变土地用途，自然资源部门有权进行查处，并可能要求拆除违规建设的坟墓，恢复土地原状。

3. 综合行政执法部门：

   • 职责范围：在某些地区，综合行政执法部门可能负责城市管理和行政执法工作，包括殡葬管理方面的违法行为查处。
   • 拆除依据：如果超面积建坟行为被认定为违反城市管理或行政执法规定，综合行政执法部门有权进行查处，并可能要求拆除违规建设的坟墓。

特殊场景：

• 在实际操作中，具体由哪个部门负责拆除可能因地区而异。有些地方可能由民政部门牵头，联合自然资源、综合行政执法等部门共同进行查处和拆除工作。
• 如果超面积建坟行为同时涉及多个部门的职责范围，如既非法占用了土地又违反了殡葬管理规定，那么可能需要多个部门共同协作进行查处和拆除。

后续行动建议：

• 如果您或他人遇到了在合法的公益性墓地上建坟但超面积的问题，建议首先了解当地的具体规定和执法实践。
• 可以向当地民政部门、自然资源部门或综合行政执法部门咨询相关政策和执法流程，以便更好地了解自己的权利和义务。
• 如果认为自己的权益受到了侵害，可以考虑通过法律途径维护自己的合法权益，如提起行政诉讼或民事诉讼等。不过，在采取法律行动之前，建议先咨询专业律师的意见。

法律依据：

• 虽然具体的法律依据可能因地区而异，但一般来说，涉及殡葬管理和土地管理的相关法律法规，如《殡葬管理条例》、《土地管理法》等，都可能为拆除超面积建坟提供法律依据。