公墓占用耕地，一般由县级以上人民政府自然资源主管部门、农业农村主管部门等按照职责责令拆除。以下是对此问题的详细分析：

1. 法律依据：

   • 根据《中华人民共和国土地管理法》第七十五条，占用耕地建窑、建坟等破坏种植条件的，由县级以上人民政府自然资源主管部门、农业农村主管部门等按照职责责令限期改正或者治理，并可以并处罚款。
   • 若构成犯罪的，还将依法追究刑事责任。

2. 处理流程：

   • 首先，相关部门会进行调查，确认是否存在公墓占用耕地的情况。
   • 若存在违法行为，会责令限期改正或治理，即要求拆除公墓并恢复耕地至适合耕种状态。
   • 若逾期不改正，可能会面临罚款，甚至刑事责任。

3. 建议：

   • 若公墓确实需要占用耕地，应依法向相关部门提出用地申请，并办理合法的用地和规划手续。
   • 若无法获得合法手续，应考虑将公墓迁移到合法地点。
   • 在处理过程中，应充分尊重和保障农民的合法权益，特别是当公墓占用农民承包地或宅基地时。

综上所述，公墓占用耕地是一个复杂的法律问题，涉及多个法律层面和实际操作环节。在处理此类问题时，必须严格遵守相关法律法规，确保问题的妥善解决。若您有更具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。