针对您提出的“农村历史墓地占用耕地怎么办”的问题，这是一个涉及法律、政策以及实际操作层面的复杂议题。以下是我为您提供的详细解答：
一、法律依据与责任明确
首先，我们需要明确的是，我国实行严格的土地用途管制制度。根据《中华人民共和国土地管理法》第七十五条的规定，任何未经批准擅自占用耕地建窑、建坟等破坏种植条件的行为，都是违法的。这类行为将由县级以上人民政府自然资源主管部门等责令限期改正或治理，并可能面临罚款。若非法占用耕地数量较大且造成大量毁坏，还可能构成《中华人民共和国刑法》第三百四十二条规定的非法占用农用地罪，需承担刑事责任。
二、处理流程与建议
深入了解法律法规：
- 在处理此类问题前，建议您深入研读《土地管理法》、《农村土地承包法》以及当地的相关法规政策，明确墓地建设、管理和土地使用的要求。
与相关部门沟通：
- 及时与当地自然资源局（或农业农村局）、民政部门及殡葬管理机构取得联系，咨询具体的法律规定和处理流程。这些部门将能为您提供专业的指导和建议。
申请合法手续：
- 如果墓地确实需要占用耕地，那么必须按照法定程序向相关部门提出用地申请，并办理合法的用地和规划手续。这是确保墓地建设合法性的关键步骤。
考虑整改或迁移：
- 如果无法获得合法手续，或者已经违反了法律法规，那么应考虑将墓地迁移到合法地点，或者对现有墓地进行整改，以恢复耕地的种植条件。
尊重农民权益：
- 在处理过程中，必须充分尊重和保障农民的合法权益。特别是当墓地占用农民承包地或宅基地时，应与农民进行充分沟通，确保他们的利益不受损害。
避免违法行为：
- 强调任何未经批准擅自改变土地用途的行为都是违法的。必须严格遵守相关法律法规，避免因违法行为而面临法律责任和经济损失。
三、具体处理方式
责令限期改正或治理：
- 相关部门会要求违法行为人在规定期限内采取措施恢复耕地至适合耕种状态。这是最常见的处理方式之一。
罚款：
- 根据破坏程度和当地耕地开垦费标准，相关部门会确定罚款金额。罚款旨在惩罚违法行为并弥补因违法行为造成的损失。
拆除违法建筑：
- 如果墓地属于违反规划的违法建筑，且逾期未改正，那么将面临拆除的命运。这是确保土地用途管制制度得到有效执行的重要手段。
刑事责任：
- 如前所述，如果非法占用耕地数量较大且造成大量毁坏，可能构成犯罪，需承担刑事责任。这是对严重违法行为的严厉打击。
结论
处理农村历史墓地占用耕地的问题，必须综合考虑法律法规、部门沟通、用地手续、农民权益等多个方面。只有依法依规进行处理，才能确保问题的妥善解决，同时避免可能的法律风险和经济损失。希望以上解答能对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的帮助，请随时与我联系。