在行政复议后提起行政诉讼时，既可以选择申请确认行政行为违法，也可以选择申请撤销行政行为，具体取决于行政行为的违法情形以及您的诉求。以下是对这两种选择的详细分析：
申请确认行政行为违法
适用情形：
- 当行政行为存在主要事实不清、证据不足，但撤销该行政行为可能会给国家利益、公共利益或者他人合法权益造成损失时，法院可能会判决确认行政行为违法，而不撤销。
- 行政行为程序违法，但撤销该行政行为可能会给国家利益、公共利益或者他人合法权益造成损失，或者该行政行为已经执行完毕且无法恢复原状时，法院也可能判决确认违法。
- 行政行为超越职权或者滥用职权，但撤销该行政行为可能会给国家利益、公共利益或者他人合法权益造成损失时，同样可能判决确认违法。
法律后果：
- 确认行政行为违法后，该行政行为自始无效，但通常不会直接导致行政行为的撤销或变更。
- 如果确认违法给原告造成了损失，原告可以依法提起行政赔偿诉讼，要求行政机关承担赔偿责任。
申请撤销行政行为
适用情形：
- 当行政行为存在主要事实不清、证据不足，且撤销该行政行为不会给国家利益、公共利益或者他人合法权益造成损失时，法院会判决撤销该行政行为。
- 行政行为适用依据错误，或者违反法定程序，且撤销该行政行为不会给国家利益、公共利益或者他人合法权益造成损失时，同样会判决撤销。
- 行政行为超越职权或者滥用职权，且撤销该行政行为不会给国家利益、公共利益或者他人合法权益造成损失时，也会判决撤销。
法律后果：
- 撤销行政行为后，该行政行为自始无效，且行政机关需要重新作出行政行为（如果法律、法规允许且有必要）。
- 如果撤销行政行为给原告造成了损失，原告同样可以依法提起行政赔偿诉讼，要求行政机关承担赔偿责任。
综合建议
- 根据违法情形选择：如果行政行为违法情节较轻，且撤销可能会给国家利益、公共利益或者他人合法权益造成损失，您可以选择申请确认行政行为违法。如果行政行为违法情节严重，且撤销不会给国家利益、公共利益或者他人合法权益造成损失，您可以选择申请撤销行政行为。
- 考虑实际诉求：除了考虑行政行为的违法情形外，您还需要考虑自己的实际诉求。如果您希望行政机关重新作出行政行为，或者希望获得行政赔偿，那么撤销行政行为可能更符合您的需求。如果您只是希望确认行政行为的违法性，而不希望行政机关重新作出行政行为，那么确认违法可能更合适。
在行政诉讼过程中，法院会根据具体案情和法律规定，对行政行为的合法性进行全面审查，并作出相应的判决。因此，在选择申请确认违法还是撤销时，建议您充分了解案情和法律规定，并咨询专业律师的意见，以便更好地维护自己的合法权益。如果您有任何法律问题，都可以直接向我咨询。