结论前置：交通事故后与公司签订了免责协议，并不影响您申请工伤认定，但免责协议的效力及具体内容可能会对后续的工伤赔偿产生影响。

详细分析：

1. 工伤认定的基本条件： 根据《工伤保险条例》的规定，职工在工作时间和工作场所内，因工作原因受到事故伤害的，应当认定为工伤。交通事故如果发生在您上下班途中，且非您本人主要责任，同样可以认定为工伤。因此，是否签订免责协议，并不影响工伤认定的基本条件。

2. 免责协议的效力：

   • 免责协议如果是在您充分了解其内容并自愿签订的情况下，且协议内容不违反法律、行政法规的强制性规定，那么该协议在您与公司之间是具有法律效力的。但这并不意味着公司可以完全免除其应承担的工伤赔偿责任。
   • 如果免责协议中存在欺诈、胁迫、乘人之危等情形，或者协议内容显失公平，那么该协议可能是无效的，您仍然有权要求公司承担相应的工伤赔偿责任。

3. 免责协议对工伤赔偿的影响：

   • 即使免责协议有效，它也可能只涉及某些特定的赔偿项目或责任范围，而并不涵盖所有工伤赔偿项目。例如，协议可能只免除了公司对医疗费用的赔偿责任，但并未免除对伤残补助金、停工留薪期工资等项目的赔偿责任。
   • 在工伤认定后，您有权根据《工伤保险条例》的规定，享受相应的工伤保险待遇。如果公司拒绝支付或不足额支付，您可以通过劳动争议仲裁或诉讼等途径来维护自己的合法权益。

4. 建议行动：

   • 及时申请工伤认定：无论是否签订了免责协议，您都应尽快向当地社会保险行政部门提出工伤认定申请，以确保自己的权益得到保障。
   • 审查免责协议：仔细审查免责协议的内容，了解其具体条款和免责范围。如果认为协议存在不公平或违法情形，可以寻求法律帮助来维护自己的权益。
   • 咨询专业律师：在处理工伤赔偿问题时，涉及的法律问题可能较为复杂。因此，建议您咨询专业律师，以获取更具体、更专业的法律建议。

后续思考依据： 在处理此类问题时，您需要关注工伤认定的基本条件、免责协议的效力及其对工伤赔偿的具体影响。同时，由于法律问题的复杂性和个体差异性，每个案件的具体情况都可能有所不同。因此，在做出任何决策之前，都建议您咨询专业律师以获取更准确的法律意见。如果您有任何关于劳动工伤或婚姻家庭方面的法律问题，都可以直接向我咨询。