针对您提出的“员工还在工伤休假内，但是做了伤残鉴定，工资该如何发放”的问题，以下是我根据相关法律法规和实际操作给出的详细解答：
一、停工留薪期内的工资发放原则
首先，需要明确的是，在工伤休假期间，即停工留薪期内，员工的工资发放应遵循《工伤保险条例》第三十三条的规定。该条例明确指出，职工因工作遭受事故伤害或者患职业病需要暂停工作接受工伤医疗的，在停工留薪期内，原工资福利待遇不变，由所在单位按月支付。
二、工资发放的具体标准
原工资福利待遇不变：这意味着员工在工伤休假期间的工资应与其受伤前的正常出勤工资保持一致。这包括基本工资、岗位津贴、绩效奖金等所有正常出勤时应享有的待遇。如果绩效奖金与出勤相关，且无法证明员工在工伤期间绩效不达标，那么绩效奖金也应计入工资总额。
按月支付：工资应按月支付给员工，以确保其基本生活需求得到满足。这是用人单位的法定义务，必须严格履行。
三、停工留薪期的确定与延长
一般期限：停工留薪期一般不超过12个月，具体期限根据员工的伤情和恢复情况而定。这是由医疗机构的诊断证明和劳动能力鉴定委员会的确认来决定的。
延长申请：如果伤情严重或情况特殊，经设区的市级劳动能力鉴定委员会确认，可以适当延长停工留薪期，但延长不得超过12个月。这意味着，在特殊情况下，员工的工伤休假时间可能会超过最初的12个月。
四、评定伤残等级后的工资变化
当员工在工伤休假期间做了伤残鉴定，并评定了伤残等级后，其工资待遇将发生变化。具体来说：
停发原待遇：一旦评定伤残等级，员工将停发原工资福利待遇，转而按照相关规定享受伤残待遇。这包括伤残津贴、一次性伤残补助金等。
继续治疗的情况：如果员工在评定伤残等级后仍需继续治疗，其工资可能按病假工资规定发放。但需要注意的是，病假工资不得低于当地最低工资标准的80%，以确保员工的基本生活需求。
五、特殊情况的处理
未参加工伤保险的情况：如果单位没有为员工缴纳工伤保险，那么工伤休假期间的工资应由单位自行承担并支付。这是用人单位的法律责任，必须履行。
劳动合同期满或解除的情况：如果工伤鉴定期间合同期满或员工提出解除合同，由工伤保险基金和用人单位分别支付一次性工伤医疗补助金和伤残就业补助金。这是为了保障员工在工伤后的基本生活和就业权益。
六、实际操作建议
了解当地政策：由于各地对于工伤假期间工资发放的具体执行细则可能有所不同，因此建议用人单位和员工都提前了解当地的相关政策法规，以确保工资发放的合规性。
保留相关证据：无论是用人单位还是员工，都应妥善保存与工伤相关的所有证据材料，如医疗诊断证明、工伤认定决定书、伤残鉴定报告等。这些证据材料在后续的工资发放和争议解决中都将起到重要作用。
及时沟通协商：在工伤休假期间，用人单位应与员工保持密切沟通，及时了解其恢复情况和工作需求。如果员工对工资发放有疑问或不满，用人单位应积极与其协商解决，以避免不必要的争议和纠纷。
综上所述，员工在工伤休假期间做了伤残鉴定后，其工资发放应遵循相关法律法规的规定，并根据具体情况进行合理调整。用人单位应严格履行法定义务，确保员工的合法权益得到保障。